学院有控制科学与工程学院拥有控制科学与工程、生物医学工程2个一级学科博士学位授权点和控制理论与控制工程、电力电子与电力传动、检测技术与自动化装置、模式识别与智能系统、系统工程、导航制导与控制、生物医学工程、物流工程等8个二级工学博士学位授权点，以及仪器科学与技术、交通运输工程等10个二级工学硕士学位授权点，并有控制工程、仪器仪表工程、生物医学工程和物流工程等4个工程硕士学位授权点和控制理论与控制工程教育硕士学位授予权。“控制理论与控制工程”二级学科是国家重点学科，另外学院还建有“电力电子节能技术与装备”教育部工程研究中心、2个省级重点学科、2个省级重点实验室和1个国家特色专业、2个省级品牌专业。

拥有控制理论与控制工程、检测技术与自动化装置、电力电子与电力传动和生物医学工程 4 个博士学位授予权，其中生物医学工程拥有一级学科博士学位授予权。学院拥有控制理论与控制工程、电力电子与电力传动、模式识别与智能系统、系统工程、检测技术与自动化装置、生物医学工程等 6 个工学硕士学位授予权。有控制工程、仪器仪表工程、生物医学工程 3 个工程硕士学位授予权和 1 个控制理论与控制工程教育硕士学位授予权。学院下设自动控制、检测技术、系统工程、图象处理与模式识别四个研究所。还设有物流工程研究中心、控制论研究中心、机器人研究中心、高技术产业 — 山东山大奥太电气股份公司，集产、学、研功能于一体。