根据上述职责，崇州市国土资源局内设10个机构：
（一）崇州市国土资源局办公室
组织协调局机关日常工作；负责综合性文件的起草和全局性会议的组织；负责文秘事务、综合信息、文电、会务、修志、综治、保密工作；负责工作目标管理、新闻宣传、计划生育工作；负责局机关的行政事务、后勤服务、固定资产管理工作；负责党务、组织人事、精神文明建设、工青妇群团等工作。
（二）崇州市国土资源局纪检监察室
负责局机关党风廉政建设和行政效能监察工作；负责对全市国土系统贯彻执行党和国家的方针、政策、法律、法规和成都市国土资源局以及市委、市政府、市纪委、市监察局有关决议的监督检查；组织开展监督监察，督促局属各科室、单位改进工作作风、提高服务质量和工作效率；对上级下达的目标任务及领导交办的临时性、突击性工作进行督办；检查、调查全局领导干部及工作人员在行政管理活动中影响行政效能的问题和行为；根据检查或者调查结果，对全局领导干部及工作人员在行政管理中存在的影响行政效能的问题和行为依法依纪提出处理或者改进建议；受理对全局领导干部及工作人员违纪、违法和影响行政效能的问题和行为的检举、投诉；检查全局领导干部廉洁自律情况；查处重大违纪、违法案件；指导局属单位做好纪检、监察工作和党风廉政建设工作；总结、宣传和推广运行高效的国土资源行政管理经验。
（三）崇州市国土资源局计划财务科
负责对各项土地行政事业性收费的征收和管理；依法征收矿产资源补偿费，并对其使用进行管理和监督；征收土地出让金和其他土地收益；负责全局财务管理工作；负责全局劳资工作。
（四）崇州市国土资源局行政审批科
负责审查服务对象的报件资料并决定是否受理；负责办理土地、矿产行政许可事项；负责办理土地使用权登记发证；负责受理土地估价报告备案、矿山地质环境影响评价报告备案；负责非常态性业务事项的受理，参与会审研究处理办法；负责接受咨询、查询和司法部门对土地使用权的查封、解封、过户；承办市政府公布的有关行政审批事项。
（五）崇州市国土资源局地籍管理科
负责全市城乡地籍管理工作；负责全市土地调查、土地登记、地籍管理信息系统、土地日常变更动态监测等工作；负责土地确权、登记、发证和权属纠纷调处；组织制定和实施地籍管理技术规程。
（六）崇州市国土资源局土地利用科
负责全市土地市场管理和土地市场动态监测；组织实施土地使用权出让、作价出资、租赁和划拨；组织协调土地使用权招标、拍卖、挂牌出让工作；组织实施集体建设用地流转；制定年度供地计划，负责国企改革中土地资产处置工作；负责土地二级市场的监管工作；指导基准地价、标定地价评测和土地等级评定与监测；负责对土地评估机构的监管。
（七）崇州市国土资源局土地规划科
组织编制全市土地利用总体规划、组织协调矿产资源保护与合理利用规划、地质环境保护规划；组织编制基本农田保护规划、土地复垦规划、土地开发整理等专项规划；编制年度土地利用计划；参与城市、城镇总体规划的审核工作；负责全市土地利用总体规划调整方案的拟订与呈报；负责乡镇级土地利用总体规划局部调整初审和集体建设用地初审；负责圈外建设项目用地预审；负责国土资源综合统计工作。
（八）崇州市国土资源局耕地保护科
负责拟定和呈报农用地转用方案、土地征用方案、补充耕地方案；负责土地用途管制、基本农田保护，下达耕地和基本农田保护目标；负责农村集体土地非农业用地流转管理，检查监督被征用土地的拆迁、补偿、安置工作；负责全市征（占）土地批准后实施的程序、补偿安置标准和落实情况的监督管理工作；牵头组织土地开发、复垦、整理的立项、验收和占补平衡工作；贯彻落实耕地保护基金有关政策和管理办法；负责管理耕地保护基金，制定耕地保护基金年度分配方案；监督管理耕地保护基金发放，监督基本农田保护和占用耕地补偿制度落实工作。
（九）崇州市国土资源局法规监察科
组织起草土地资源、矿产资源的规范性文件；组织实施有关法律、法规、规章的宣传教育；办理有关行政复议事项；负责行政执法责任制的实施和行政执法的监督；负责全局依法行政工作；负责政策法规文件汇编；负责来信来访的接待、办理工作，对群众来信、来访反映的违法问题及时调处；负责办理人大代表建议和政协委员提案。
负责监督检查土地资源、矿产资源法律、法规的贯彻实施，组织开展对土地规划、农地转用、土地征（占）用、土地登记发证、土地资产处置、土地使用权交易、矿权转让、矿产资源补偿费征收与使用、地质灾害防治等行为的监督检查；依法查处土地、矿产违法案件。
（十）崇州市国土资源局矿产资源管理科
负责依法进行采矿权的登记、授与、变更、注销管理工作；负责采矿许可证和采矿权招标、挂牌、拍卖的有关管理工作；负责矿产资源勘查、开发、利用和保护的监督管理；组织全市矿山企业年度检查、矿山年报统计，维护正常矿业秩序；调处采矿争议纠纷；承担矿产资源储量管理工作；负责编制全市地质灾害防治规划和年度防治方案；负责组织编制全市地质灾害防御预案并组织实施；负责全市地质灾害危险点防御工作的监督检查；对地质环境影响评价报告进行初审。
