巴山榧树为中国特有树种，分布于中国陕西南部、湖北西部、四川（东部、东北部及西部峨眉山）、贵州、湖南、安徽、河南、甘肃和重庆。
巴山榧树集中分布于中国秦巴山区，向西南至四川宝兴，向南至大娄山、武陵山区，向东延伸至安徽岳西、霍山，102°35′-116°21′E，28°51′-34°26′N。包括重庆市的城口、南川、巫山、巫溪、开县、奉节、武隆，四川省的峨眉山、宝兴、万源、南江、广元、茂县，贵州省的桐梓县，陕西省的略阳、镇巴、镇坪、平利、岚皋、城固、勉县、安康、宁强、山阳、旬阳，甘肃省的武都、岷县、康县、徽县、宕昌，湖北省的神农架、秭归、英山、罗田、五峰、竹溪、兴山、通山、巴东、宣恩、丹江口、房县、保康、南漳，湖南省的张家界、石门、桑植、慈利、沅陵，河南省的商城、淅川、信阳、桐柏、栾川，安徽省的金寨、霍山、岳西等9省市57县（市）。湖北省为巴山榧树分布最为密集的地区，已知有14个县级分布点。
