办公室：
1、办理局机关日常行政事务；负责文秘档案、保密、会务、信息、政务公开、职改及职称评定、办理提案、议案、后勤服务、社会治安综合治理、安全生产、计划生育、老干部、工青妇等各项管理工作；
2、承办并监督落实州水利局重要事项的决定、决议，及时督查各项工作执行情况；
3、调查研究提出自治州水利方面的发展规划、规章制度及水
利改革方案；
4、做好对外联系、接待和联络工作；协调局属单位、机关各科室做好工作，确保政令畅通；
5、协助局领导及时妥善处理有关重要问题、突发事件和重大
事故；
6、负责局机关安全保卫、环境卫生工作。
组织人事科：
1、负责州水利系统党建目标管理和精神文明工作；协助局领导负责水利系统纠风、行政监察、信访、党务公开工作；
2、负责贯彻执行国家劳动工资政策、人事、机构编制、职工奖惩、年度考核、职工教育、干部人事档案、统计、包联社区、包乡住村工作；
3、负责党员教育、管理、发展工作；负责本系统党费的收缴和管理工作；
4、负责直属单位班子考核工作；指导和管理直属单位干部队伍建设；
5、按照干部任免权限，负责本系统后备干部推荐、干部考察、考核、任免管理及培训工作。
规划计划财务科
1、组织拟定自治州水利、水电、水产发展战略，中长期发展规划；
2、编制上报和执行全州水利基本建设及各类水利专项建设前期工作的年度实施计划；
3、组织承办流域综合规划及各项专项规划、水利基本建设、水保、农田水利、改水防病、防洪等工程的项目建议书、可行性研究报告、初步设计报告、实施方案的编制、审查工作；
4、贯彻执行有关财经、审计政策法规；协调与自治州有关部门在水利建设及资金管理上的工作关系；
5、负责局属水利基建项目的资金支付、水利项目使用计划、资金落实和完成情况的管理、审查、监督工作，督促建设单位编制水利项目竣工财务决算；
6、管理和承办全州水利基本建设、水利综合统计工作；
7、研究提出有关水利价格、税收、规费、信贷等经济调节意见；
8、指导监督水利系统财务工作，负责全州水利国有资产保值增值及监管工作。
9、负责局机关及局属事业单位经费、专项经费的编制、资金管理、拨付和报账，并对预算执行情况进行检查、监督及审计；
10、负责局机关政府采购计划的监督、检查。对局属单位非税收入（预算内、外行政性收费）的管理执行审核和监督。
水政水资源科
1、负责全州水资源统一管理工作，组织拟定自治州水利法规建设规划，协助参与水利地方性法规、规章（草案）的调研起草工作；
2、负责全州水资源开发利用规划、水资源保护规划、节约用水规划等水资源专项规划的编制、审查工作；
3、负责组织全州的水资源调查和评价，指导自治州计划用水、节约用水和城市用水；
4、指导全州建设项目的水资源论证，组织实施取水许可制度、水资源费制度；
5、指导水政监察和水行政执法工作，承办各单位、部门及兵地之间水事纠风的协调和仲裁工作；承办州水利局水行政诉讼、水行政复议；
6、指导水资源和水环境的保护工作，组织水域排污的控制；
7、组织拟定节约用水规划、区域与行业用水定额，并监督实施，指导全州供水水源地保护工作；
8、负责凿井许可管理、凿井施工资质审查，组织发放凿井许可证；
9、负责组织发放河道采砂许可证，征收河道采砂管理费；
10、编制发布《巴州水资源公报》。
农牧水利科
1、负责自治州农村、牧区水利工作；研究编制全州农村、牧区水利发展规划、建设计划，制定农村牧区水利政策、规章、规范、标准；
2、指导全州农田水利基本建设、牧区水利基本建设、乡镇供水、小水电建设、农村电气化发展及农村牧区节水工作；
3、组织拟定大型灌区灌排骨干工程发展规划、机井建设计划，组织实施更新建设计划；
4、指导全州农村、牧区水利科技社会化服务体系建设；推广节水型水利技术，组织实施节水灌溉；
5、归口管理自治州农业综合开发等重大支农项目农田水利建设业务；
6、组织实施农村牧区供水与环境卫生外资项目；
水土保持科
1、承办全州水土保持工作，拟定自治州水土保持政策、法规，编制水土保持规划及年度实施计划，并组织实施；参与自治州生态建设规划及项目审查验收工作。
2、指导全州水土保持综合治理工作，组织实施水土保持小流域综合治理项目；
3、组织全州水土流失动态监测并定期公告。
4、对《水土保持法》等有关法规的执行情况依法实施监督，组织开发建设项目水土保持方案编制、审批、实施、验收工作；
5、组织实施自治州水土保持“两费”征收及监督使用。
建设与管理科
1、组织拟定自治州水利工程建设管理政策法规、规章制度；编制基本建设项目的年度计划；对全州水利、水电及水产建设进行行业管理；
2、负责组织州内主要河流、湖库的综合治理与开发利用；组织指导水利工程、水域及其岸线的管理与保护；
3、组织工程建设项目报建、主体工程开工及工程后评价；组织、协调和监督重点水利工程项目的建设与验收。
4、负责全州水利工程建设实施阶段的重大设计修改、概算修正的管理工作。
5、组织指导水利工程建设期的防洪安全管理，负责河湖、水库、大坝的安全监管。
6、负责水利行业建设、勘测、设计、施工、监理咨询单位及其它中介组织的资质及资格审核。
7、负责水利行业质量监督、建设监理工作，指导水利建设与管理的新技术推广工作。
8、负责管理水利建设市场，监督指导市场准入；组织管理巴州水利、水电工程招投标工作，组织工程建设项目的执法监察。
