自治州迪那河流域管理处：管理轮台县迪那河流域内的所有地表水（包括迪那河、塔力克河、阳霞河、策达雅河、土尸洛克河、库努尔河、克因力克河、月塘铁力克河、艾西买河）和地下水。

自治州车尔臣河流域管理处：管理且末车尔臣流域内所有地表水（含车尔臣河、莫勒切河、喀拉米兰河、博斯坦托格拉克河、米特河、依山干萨依河、哈迪勒克萨依河、尤努斯萨依河、西南羌塘区各河）和地下水。

自治州若羌河米兰河流域管理处：管理若羌—米兰河流域内所有地表水（含若羌河、米兰河、塔什萨依河、尧勒萨依河、库兰勒格沟、瓦石峡河、吐格曼塔什赛依河、塔特勒克布拉克河、阿拉库里萨依河、米兰河以东各小河、东南部柴达木内陆各河、南部羌塘区各河）和地下水。

自治州水利水电勘测设计院：

主要职责:为自治州水利水电勘测设计提供服务。从事水利行业乙级范围内的规划、设计及工程测绘乙级范围内的工程测量工作；编制开发建设项目水土保持方案。从事建设项目水资源论证工作。工程勘察及工程地质试验贰级实验室工作；从事1000mm、H300以内的钻井、水利建筑工程施工、土方挖掘、水文工程地质钻探以及机井配套的电器、旧井维修、加工钻井井管、水泵维修等工作。

自治州大石门水库管理处：

主要职责是贯彻执行国家和自治区有关水利工程建设管理的法律、规程，落实项目法人责任制、招投标制、工程监理制、合同管理制等管理制度，负责大石门水库工程的前期工作、建设管理、工程验收和运行管理工作；协助流域管理机构承担车尔臣河防洪度汛、水量调度的监督管理；负责大石门水库工程安全运行、灌溉管理、防洪抗旱和发电工作，以及水库生产经营和水电费的征收工作。