根据上述职责，区建设水务局设12个内设机构。
（一）办公室。
负责文电、会务、机要、档案、信息、保密、维稳、信访、修志、政务公开、资产管理等机关日常工作；负责综合调研、综合性文稿起草；负责机关内部各项规章制度，并监督、检查贯彻执行情况；组织办理人大议案和政协提案；负责信息化工作；负责依法治区和普法教育的有关工作。
（二）建筑开发管理科（挂审批管理科牌子）。
负责组织实施本部门行政审批制度改革工作；承担本部门精简行政审批事项、优化行政审批服务和审批流程、编制和调整权责清单、行政审批标准化和信息化、行政审批监督管理等工作；组织办理本部门的行政审批和备案事项。按权限负责建筑工程方面的审批和备案，包括：房地产开发项目手册年检备案、施工许可审批、工程的竣工验收备案、大中型建设项目初步设计审查等事项。负责区属建设项目的施工招标投标监督管理；负责区辖内在建在监工程质量的监督管理及现场安全生产，与城管部门共同督促施工单位落实文明施工措施；负责区辖内在建在监建筑施工阶段节能的监督管理；负责建筑起重机械设备安全使用的监督；参与辖内工程建设重大质量、安全事故的调查和处理，建设工程评优工作。配合市建设行政主管部门督促房地产开发项目公共配套设施建设，进行有形建筑市场的监督管理以及建筑市场信用体系的建设管理工作，执行建筑工程劳动保险金管理政策；负责协助市建设行政主管部门对预拌砂浆及其他建筑材料使用的监管。
（三）市政建设管理科。
制定全区市政设施更新改造和市政设施维护经费年度计划并组织实施；负责市政项目建设、维修工程计划、经费计划的审核报批；负责市政建设工程的施工质量和文明施工管理并做好工程结算审核；按权限办理城市市政设施的审批和备案，包括：占用、挖掘、移动、改建城市市政设施的审批；在桥梁、隧道安全保护区域内从事疏浚、挖掘、打桩、敷设管线等审批；施工排水许可审批；城市公共排水设施接驳手续核准；移动（改建）或临时占用公共排水设施审批；城市道路临时占用、城市道路挖掘审批；公共排水设施保护方案备案等事项。监督市政行业的服务质量和安全生产工作；负责辖区内市政、排水设施建设和管理，确保设施安全；组织制定市政行业的科技发展规划和科技项目攻关，指导技术改造和推广应用科技成果。
（四）工程建设科。
组织城建、市政、水务、园林绿化项目的计划立项、项目建议书、可行性研究、设计方案、规划报建、初步设计、施工图设计、概（预）算编制、招投标等前期工作；负责城建、市政、水务、园林绿化项目资金的筹措、计划安排和监督管理；负责城建、市政、水务、园林绿化固定资产投资及相关统计工作；负责市、区有关城市建设重点项目的协调和组织实施工作；负责河涌整治、园林绿化等环境整治工程项目的组织实施、综合协调工作；负责组织工程建设、施工管理及验收等工作；负责控制工程投资，审查、监督工程进度款的划拨；协助市有关部门做好市、区共建项目及区辖内城建项目的组织实施。
（五）水务科。
负责编制全区河涌综合整治、污水治理等水务工作的中长期规划、年度计划、目标责任和实施方案，以及水务设施维护经费的年度计划，并组织实施；按权限办理水务方面的审批和备案，包括：河道及水工程管理范围内建设项目行政许可审批、开发建设项目水土保持方案审批、水利设施迁移、报废、维修审批和水利基建项目初步设计文件审批等项目；负责辖区内的河涌堤岸、水闸、调水补水泵站等水务设施的建设和管理；监督河涌日常管理的服务质量和安全生产工作；协调组织有关部门对本区水务建设项目的立项和可行性研究论证工作；组织和协调城市建设中涉及水务设施的配套工作；指导本区水务科技发展规划和科技项目攻关，指导协调技术改造和推广应用科技成果。
（六）三防办公室。
组织、协调、指导、监督全区防汛防旱防风防冻工作；编制区防汛防旱防风防冻应急预案及防洪排涝规划并组织实施；编制区三防年度资金使用计划并组织实施；负责汛情、旱情、灾情掌握和发布，指导监督防汛演练及抗洪抢险工作。负责区三防指挥部各成员单位综合协调工作，组织各成员单位分析会商、研究部署和开展防汛防旱防风工作；指导全区三防物资的储备与管理、应急抢险队伍的建设与管理；负责组织开展三防工作评估；承办上级防总及区三防总指挥部交办的其他事项。
（七）绿化管理科（挂区绿化委员会办公室牌子）。
制定绿化考评管理方案和养护管理质量标准，并监督实施；负责园林绿化养护、保护工作的监督、指导；负责公共绿地的管理；负责古树名木的资源普查和管理；组织、指导、监督全民义务植树工作；组织绿化抢险救灾和预防、调查工作；指导和监督林木、绿地等的有害生物监测、报告和防治工作；按权限办理砍伐、迁移、修剪城市树木及临时占用绿地的审批；绿化工程初步设计审批等事项；负责绿化补偿费、绿化赔偿费和临时占用绿化费的审核和收取工作；负责义务植树、认种认养、花园式单位等活动的发动、协调、监督检查和评比表彰工作；负责本区绿化方面的普法教育和社会宣传工作，组织、协调社会参与绿化的相关活动。
（八）公园管理科。
负责区属公园的监督管理；组织编制区属公园修建性详细规划；组织实施公园建设规划和年度计划；负责区属公园各项行政许可事项的核准、审批和后续监管工作；依权限负责审批临时占用区属公园用地，负责临时借用区属公园用地的申报管理；按权限办理公园绿化砍伐、迁移及修剪等审批事项；依权限审核区属公园的绿化补偿费、绿化赔偿费和临时占用绿化费；负责区属公园用地红线、产权管理和内联项目立项的审定；负责区属公园内国有资产租赁申报和管理；指导、检查和监督区属公园内的土地使用及其他管理工作。
（九）执法监察大队。
查处违反水务行政法规、城市绿化管理法规的行为；组织调解本行政区域内发生的水事、绿化纠纷，处理因水政、绿化执法引起的水事、绿化信访案件；依照管理权限负责河道管理范围占用费、水资源费、水土保持补偿费等水行政事业性收费的征收工作；查处未按规定缴纳水行政事业性收费的违法行为；查处砍伐、迁移树木和占用绿地的违法行为。
（十）组织人事科。
负责机关和指导所属单位组织人事、机构编制、党务、统战、劳动工资、计生、离退休人员服务和工青妇等工作；负责机关干部队伍和所属单位领导班子建设工作，开展党风党纪教育；负责上级党委和本级党委工作部署、决策精神的督办落实和情况反馈。
（十一）财务科。
负责组织编制本部门预算、决算草案，具体组织预算执行，开展本单位的财务管理工作和项目资金管理，核算各项资产，建立健全内部财务管理制度；指导局所属单位的财务工作和组织业务培训，开展内部审计和监督检查。
（十二）监察科。
负责党风廉政建设、纪律教育和预防腐败工作；受理对本单位和所属机构工作人员违法违纪的检举控告，以及不服给予党纪政纪处分决定的检查和监察对象的申诉；查处违反党纪、政纪的案件；负责行政效能监察；负责处理信访举报工作。
