工程效益主要以灌溉为主，兼顾供水、发电和防洪，并为改善区域生态环境创造条件。工程兴建能够为申格孜、扯休、曲美、聂日雄四大灌区提供水源，到设计水平年2020年工程全面发挥效益，达到开发耕地面积21.27万亩，新增灌溉面积18.40万亩，开发草地面积16.51万亩，开发林业面积7.61万亩；每年能为藏中电网提供0.847亿度电能；能将下游防洪标准由现状提高到5年一遇，远期配合堤防工程，可将下游防洪标准提高到20年一遇；能为扶贫开发创造条件，并可安置生态移民4.2万人。

该工程具有灌溉、生态效益、供水、生态扶贫点建设、发电和防洪等综合效益。

灌溉效益：四大灌区是日喀则地区的粮食生产基地，但由于水利设施缺乏，土地基本处于干旱且无灌溉设施状态。工程建成后，农田灌溉保证率将达75%，预计到2020年，四大灌区将发展灌溉耕地21.27万亩，工程建成时，年均灌溉效益约为2.43亿元。

生态建设效益：预计到2020年四大灌区生态建设面积为24.12万亩，将对防风固沙、防减灾等发挥巨大生态作用。生态扶贫点建设效益。四大灌区的宜垦土地开发，为生态移民、扶贫搬迁政策的实施提供了基本条件和可靠的保证，使贫困人口能够“搬得出、留得住、富得起”。同时，将实施通水、通路、通电、通信和通广播电视建设，改善群众生活条件。

发电效益：两座电站总装机容量为4.2万千瓦。防洪效益：近期可将下游的重要城镇和灌区的防洪标准提高到5年一遇，待下游堤防工程建成后，远期可配合堤防工程，将下游的重要城镇和灌区的防洪标准提高到20年一遇。