由于国务院尚未规定有关排污总量控制制度的具体办法，所以确定该制度的具体内容尚有一定难度。结合《淮河流域水污染防治暂行条例》的规定，排污总量控制制度的内容应包括以下几个方面：

● 适用条件

由《水污染防治法》第十六条可知，排污总量控制制度只有在对实施水污染达标排放仍不能达到国家规定的水环境质量标准的水体才能适用。

这表明了排污总量控制制度只是排污浓度控制制度的补充（即如果采用浓度控制能够达到国家规定的水环境质量标准，则不应适用总量控制制度）。

对于排污企业，只有有排污量削减任务的，才对其核定排污总量控制指标的削减量及削减时限。

在对排污总量控制制度适用条件的理解下，“国家规定的水环境质量标准”应理解为国家水环境质量标准（由国务院环境保护行政主管部门制定），而不是地方环境补充标准（由省级人民政府制定）。（以辽宁省为例理解）

●适用程序

（1）由省级人民政府拟定排污总量控制计划，即确定实行排污总量控制的重点污染物名单和适用区域。具体包括：排污总量控制区域、排污总量、排污削减量、削减时限；

（2）县级以上地方人民政府，根据上级人民政府制定的排污总量控制计划，组织制定本行政区域内的排污总量控制计划，并纳入本行政区域的国民经济和社会发展中长期规划和年度计划；

（3）由环境保护行政主管部门商同同级有关行业主管部门，根据排污总量控制计划、建设项目环境影响报告书和排污申报制表，确定被纳入排污总量控制的排污者的排污总量控制指标以及排污总量控制指标的削减量和削减时限要求；

（4）由县级以上环境保护部门负责对排污单位和排污行为进行监管，排污单位超过排污总量控制指标排污的，由有关县级以上人民政府责令限期治理。