2016年12月，环保部发布《排污许可证管理暂行规定》（环水体【2016】186号），对排污许可证等基础概念做出界定，并对排污许可证申请、审核、发放、管理等程序做出规范性要求。

2017年7月，为贯彻落实党中央、国务院决策部署，推进排污许可制度建设，规范排污许可管理程序，指导全国排污许可证申请、核发和实施监管等工作，根据《中华人民共和国环境保护法》《中华人民共和国水污染防治法》《中华人民共和国大气污染防治法》《中华人民共和国行政许可法》和《国务院办公厅关于印发控制污染物排放许可制实施方案的通知》（国办发﹝2016﹞81号）等，环保部发布了《排污许可管理办法（征求意见稿）》，公开征求意见。

同时，环保部已经启动了排污许可条例的编制工作。

截至2017年9月底，环保部发布了火电、造纸、钢铁、水泥、石化、制药、氮肥、农药、焦化、印染、电镀、平板玻璃、制革、制糖、有色金属冶炼（铜、铅锌、铝）等15个重点行业的排污许可证申请与核发技术规范，相关行业的自行监测指南等配套技术规范性文件也在陆续编制和发布。