市城乡规划局设10个内设机构。下辖榕城、仙梅、空港、蓝城4个规划管理所。

（一）办公室加挂行政审批科牌子

负责文电、公务、机要、档案等机关日常工作；承担信息、安全、保密、新闻报道、信访、督办、政务公开等工作；起草重要文稿；负责人大议案和政协提案处理工作；负责行政后勤和接待工作；负责工、青、妇、计育、武装、保卫、宣传教育和精神文明建设等工作。负责行政审批事项的受理、审核（需现场审查事项由相关职能科负责）和发证，协同做好行政审批事项办理相关工作；拟订行政审批管理制度、服务标准和服务规范并组织实施，优化行政许可管理流程；负责政务服务中心窗口管理工作；负责市区建设项目联合审批的组织协调工作。

（二）总规划师室

承担组织修编市域城镇体系规划和市区总体规划的有关业务工作；负责组织编制市区控制性详细规划业务工作；负责市区修建性详细规划审核工作；负责建设项目用地规划、报建的审核工作；监督检查各项规划的实施情况。

（三）城乡规划管理科

拟订村镇发展战略、村镇发展规划、年度计划及有关制度；指导市区外各县（市、区）城乡规划的编制、实施和管理工作；指导市区外各县（市、区）村镇的统一开发综合工作，会同有关部门做好村镇建设用地管理工作；参与市区外各县（市、区）大中型建设项目的选址可行性研究及评价工作；监督管理市城乡规划编制单位。

（四）市政规划管理科

负责市区规划区内道路、园林绿化、工程管线等市政设施建设的选址定点、用地和工程规划管理；负责市政工程竣工后的规划验收工作；会同市政行政主管部门负责市政工程的验收管理；指导县（市、区）市政公用设施规划管理工作；协助编制各项相关规划。

（五）建设用地规划管理科

负责市区规划区范围内的各项建设用地（不含市政工程项目）的选址、定点，核发《建设项目选址意见书》；出具建设项目用地红线图，核发《建设用地规划许可证》；负责市区地形图测绘管理工作；协助编制各项相关规划。

（六）建设工程规划管理科

负责市区规划区范围内的各项建筑工程项目（不含市政工程项目）设计方案、施工图的审查和核准工作，核发《建设工程规划许可证》；负责市区建设工程的验收、验槽和竣工后的规划验收工作；协助编制各项相关规划。

（七）城建档案室

负责市区城建档案的收集、归档、保存和咨询利用等管理工作。

（八）财务科

负责市区建设工程项目报建有关规费的收缴工作；负责局机关财务管理工作；指导局属单位的财务工作。

（九）人事科

负责局机关和指导直属单位的人事、机构编制、劳资、社保、培训、党务、纪检、监察等工作，协助有关部门做好专业技术资格的考试和评、聘等工作。

（十）法制科

负责城乡规划法律法规的宣传贯彻工作；拟订我市城乡规划的地方规范性文件；负责城乡规划规范性文件的合法性审查工作；拟订和组织实施全市城乡规划管理的行政执法规范；负责组织对全市城乡规划的编制、审批、实施、修改的监督检查；负责行政复议、行政诉讼和赔偿工作；负责处理群众来信来访工作；负责普法教育工作。