建筑工程学院截至2016年已有39年的发展史。一批50年代毕业于内地名牌大学（清华大学、同济大学等）学子，抱有扎根新疆、建设新疆的崇高志愿，在田名誉、范搢生等专家教授的带领下，1977年创建了“工业与民用建筑工程”本科专业。1978年7月开始招收建筑结构工程方向的本科生，1982年7月第一批本科生毕业。1989年7月开始招收路桥工程方向的本科生，1993年7月第一批本科生毕业。

依照按一级学科建设本科专业的要求，2000年3月组建了“土木工程”本科专业（含建筑工程和交通土建两个本科培养方向）。截至2010年7月，这两个本科专业方向合计培养本科生约4000人次，加之成人教育和新疆大学科技学院土木工程专业毕业生约为1万人次。绝大部分毕业生在新疆各大设计院、科研院所、施工单位工作。

2002年将隶属学院的各本科专业的实验室加以整合，组建了“建筑工程学院实验中心”。2010年学院实验中心建设成为区级“实验教学示范中心”。

学科建设和研究生教育有了突破性的发展。2000年经国家教育部学位委员会审核，批准了学院二级学科“结构工程”专业硕士点，2002年开始招收“结构工程”专业的硕士研究生，至今招收9届研究生，毕业5届，合计55人，在校“结构工程”专业研究生30人。2005 年开始招收“建筑与土木工程”专业工程硕士。2010年“建筑结构抗震与节能实验室”被评为校级重点实验室。