新疆地处干旱地区。在新疆，水利是农业的命脉，也是国民经济的命脉。为了开展水利科技活动，促进新疆水利事业的发展。

1961年10月25日召开了新疆水利学会 成立大会，选举产生了由42名理事组成的第一界理事会。王鹤亭当选为理事长，张羽、马吉提任副理事长，下设宣传、组织、秘书、学术四个组，结合当时新疆水利建设，开展了旧灌区改建、农村“五好”建设等各项水利科技服务活动。

1966年，文化大革命开始，学会停止了活动。

1978年，新疆水利学会恢复了活动。

1981年1月，在乌鲁木齐市举行年会，选举产生了77名理事，王鹤亭再次当选理事长，李锡龄、陈鸿彦、张家瑶、单人骁、王文喜当选副理事长，唐其钊任秘书长，周聿超、马辛、李永寿、文国荣任副秘书长。

1984年1月，举行了第二次年会，选举产生了第三界理事会，会上选举产生了103名理事，王鹤亭再次当选为理事长，陈鸿彦、李锡龄、唐其钊、王文喜、张学魁、安尼瓦尔·艾则之当选为副理事长，马辛当选为秘书长，李蔗、周聿超、文国荣、林仁亨、伊马木·热木图拉为副秘书长，下设水文、农田水利，地下水，水利管理、农电、施工、水工建筑、环境水利、水利经济、科技情报等10个专业委员会，并成立科普工作委员会和科技咨询服务中心。

1987年2月，新疆水利学会举行代表会议选举产生了第四界理事会，理事104人，唐其钊任理事长，李锡龄、张立德、伊马木·热木图拉、马辛、王文喜、张学魁任副理事长，马辛任秘书长，李蔗、周聿超、韩永子任副秘书长。

1991年2月，召开了新疆水利学会第五次会员代表大会，选举产生了第五界理事会，理事121人，张力德任理事长，唐其钊、刘笃德、伊马木·热木图拉、张岩、马辛、张学魁、杨尊林任副理事长，陈积德任秘书长，韩永子、周聿超、纳斯尔·阿布都拉、解尔庸、林仁亨、姜献德、乌斯满·沙吾提任副秘书长。

1995年3月，在乌鲁木齐市召开了第六次会员代表大会，选举产生了第六界理事会，理事137名，张岩当选为理事长，吐尔逊·托呼提、伊马木·热木图拉、陈树林、张学魁、顾烈峰、于海鸣任副理事长，于海鸣兼任秘书长，林仁亨、陈积德、解尔庸、乌斯满·沙吾提、吴肇基、姜献德、纳斯尔·阿布都拉、张志新、罗江呼为副秘书长。

2001年2月，在乌鲁木齐召开了第七次会员代表大会，选举产生第七界理事会，理事184人。选举王世江为理事长，吐尔逊·托呼提、祝向民、乌斯满·沙吾提、伊马木·热木图拉、李世新、于海鸣、黄凯申、邓铭江、侍克斌为副理事长，罗江呼为秘书长，陈积德、解尔庸、林仁亨、赵伟、吾甫尔·努尔丁、艾孜木别克、吴肇基、张志新、姜献德为副秘书长。

2002年5月增补安德祥、王丹、杨新成为学会副秘书长。

2006年1月19日，新疆水利学会第八届会员代表大会胜利召开，新疆水利学会理事长、副理事长、常务理事、理事共计197人参加了会议。会议期间，自治区水利厅厅长、新疆水利学会理事长王世江同志代表第七届理事会做了题为《坚持科学发展观 推动学会工作全面发展》的工作报告。会议审议通过了新疆水利学会章程的修改意见，重新选举产生了由186人组成的第八届理事会和常务理事会。

2007年1月31日，增补洪佳师、夏新利、袁青梅、秦继军为学会理事，增补洪佳师、孙家海、王琪、张礼模、成平、夏新利、袁青梅、秦继军、张俊民、郭焱、何建村、王阿平为常务理事，增补王新为学会副秘书长，增补覃新闻、洪佳师、孙家海为副理事长。

2009年3月1日，会议同意新疆自治区主席助理、新疆水利厅厅长、新疆水利学会理事长王世江同志辞去新疆水利学会理事长一职，并担任新疆水利学会名誉理事长；根据王世江同志的提议，大会选举新疆水利厅副厅长、总工邓铭江同志为新疆水利学会理事长，全国政协常委、新疆水利厅副厅长董新光同志为新疆水利学会常务副理事长。