施工合作体有利于充分发挥各施工单位的专业优势，也是合理组织生产要素、有效利用社会资源的一种承发包方式。同时，在施工合作体内部经济责任比较清楚，有利于促使各成员单位努力降低自己的个别劳动消耗，客观上也是施工单位乐于选择的一种承包方式，但是，在实际应用过程中，施工合作体存在一些问题，需要妥善地加以处理，其中主要的问题有：

(1)施工现场的共同设施、共用施工机械等的使用和费用分摊问题

虽然施工合作体的各个成员单位是分别组织施工，都投入完整的施工力量，但有些临时设施、施工机械却没有必要重复投入，采用共同使用、分摊费用的方式更为经济。这既有利于降低投标价、提高中标概率，也有利于降低成本、提高盈利率。但是，由于这直接涉及到各成员单位的经济利益，常常难以取得一致意见，尤其是要在投标阶段和内部合同中预先明确有关问题的处理方法就更为困难；或者，即使预先取得了一致意见，但在施工过程中情况发生变化或意外，又会产生新的矛盾。这都有可能使施工合作体各成员单位之间的合作造成不愉快的局面，影响合作的效果和今后继续合作的愿望。

(2)领导机构的总体协凋问题

由于施工合作体的领导机构无权指挥或干预各成员单位的施工组织和管理，因而其权威是相当有限的。在施工合作体整体利益与各成员单位利益基本一致的条件下，领导机构的协调工作比较容易，能取得较好的效果。但是，如果施工合作体的整体利益与个别成员单位的利益不一致，或各成员单位相互之间的利益有矛盾，则领导机构的协调工作就很困难，难以取得预期的效果。而需要领导机构出面协调的问题大多属于后一类情况，这表明领导机构的总体协调作用不大，有可能因此而影响合作的效果，损害施工合作体的整体利益，实际上最终将损害各成员单位的利益。

(3)投标报价问题

由于施工合作体采用联合承包、分别组织施工和核算的方式，相应地就要求以施工合作体的名义投标、各成员单位分别进行投标计算或估价。各成员单位从自己切身的经济利益出发，难免会对自己将承担的工程内容考虑较大的风险系数或利润率，至少不愿以低于平均利润水平的价格投标。因此，施工合作体各成员单位一般不会采取统一协调的投标竞争策略，往往难以形成既有很强竞争力、又能为各成员单位所接受的投标价，在报价上可能难以与总包施工单位或施工联合体竞争，中标概率相应降低。如果说前两个问题主要涉及到施工合作体的合作效果，并非没有妥善处理的可能，那么，第三个问题则直接关系到施工合作体的合作能否实现，在这方面，较少协商解决的可能性。

合作体这种形式亦可用于设计任务和项目管理任务的委托，这时，其基本特征与施工合作体相同。