根据上述职责，县水利局设3个内设机构：

（一）办公室。

负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担编制水利部门预算、决算，负责机关及所属单位的财务会计制度建设、资金（资产）管理与监督以及绩效评价工作；承担机关单位的财务管理工作；承担保密、信访、公产、政务公开、社会治安综合治理工作。负责机关和所属单位的机构编制、组织人事、劳动工资、教育培训管理工作；负责水利体制改革的有关工作；指导全县水利系统人才队伍建设工作。

（二）水利建设管理股。

指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护；指导江河治理和开发；组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度；指导水利工程建设与运行管理；组织实施具有控制性的重要水利工程建设与运行管理；指导水利建设市场以及水利水电工程招标投标的监督管理；拟订水利科学发展规划；负责水利科学研究、技术引进和科技推广；参与拟订水利行业技术标准、规程规范并监督实施；负责县内河流有关事务和对外合作工作；承办水利综合统计工作。

（三）农电管理股。

指导农村水能资源开发工作，组织开展水能资源调查工作，负责水能资源信息系统建设和水能资源调查成果的管理。指导农村水能资源开发规划编制及监督实施，指导农村水能资源权属管理工作，研究拟订农村水能资源有偿使用制度。参与指导水电项目合规性和工程建设方案审查。指导农村水能资源开发工程质量和安全工作，参与重大安全事故的督查。指导农村水电体制改革，指导农村水电工程设施产权制度改革，指导农村水电电网建设与改造有关工作。指导水电农村电气化工作，组织编制水电农村电气化规划并监督实施。指导小水电代燃料工作，组织编制全县小水电代燃料规划并监督实施，指导小水电代燃料工程建设和管理工作。指导农村水电行业技术进步和技术培训，承担全县农村水能资源开发及水利系统综合利用枢纽电站统计工作。

纪检监察机构按有关规定设置。