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2001年,东华理工大学在核技术及应用学科建设的基础上,为适应国防核事业和核工业发展的需要,开设了核工程与核技术专业。
2005年,学校实行校院两级管理,组合核科学与技术、地球物理学、物理学和测控科学与仪器四大学科成立了核工程技术学院。
2012年,核学院改名核工程与地球物理学院。
2016年,学校进一步推进人才培养综合改革,重新组建了核科学与工程学院。