1952年全国高校院系调整时，厦门大学海洋系的理化组部分师生调到青岛，与原国立山东大学海洋研究所合并，成立了国立山东大学海洋系。1959年成立山东海洋学院。1978年至1983年，经教育部批准，先后成立了山东海洋学院海洋研究所、物理海洋研究所、河口海岸研究所。这些研究所的部分科技人员，成了中国海洋大学环境科学与工程学科的学术带头人和技术骨干。1984年经国家教委批准、成立山东海洋学院海洋环境保护研究中心，1988年山东海洋学院更名为青岛海洋大学。1992年成立海洋环境科学研究所，1998年成立环境科学与工程研究院，下辖海洋环境科学研究所、工业水回用技术研究所、资源与环境工程勘察设计检验中心和海洋生态动力学山东省重点实验室，青岛海洋大学环保中心也挂靠研究院合署办公。2001年校内再次整合，成立了环境科学与工程学院，形成了融教学、科研及服务三位一体的新的实体。

在教学方面，学院下设环境科学系和环境工程系，环境科学专业和环境工程专业均有学士点、硕士点和博士点，并有环境科学与工程博士后流动站。科研方面有环境科学与工程研究院，海洋环境保护研究中心，海洋生态环境教育部重点开放实验室等科研机构及其所辖研究人员和仪器设备。在为社会、经济及国防建设服务方面，东方红2号海洋调查船和卫星地面站，可提供从空中到海上现场监测海洋环境的技术平台，挂靠于学院的中国海洋大学测试中心拥有先进的监测、测试和分析仪器设备，持有全国甲级环境评价证书和全国甲级海域使用论证资质证书等高级别的资质证书，一大批资深业精的技术骨干，共同形成了为社会、经济、国防和地方建设服务的坚实后盾，在环境监测与污染治理、区域功能规划与管理对策，环境健康与生态修复等方面有显著的优势。

早在1958年初山东省的沿海环境资源调查和1958-1959年的第一次全国海洋综合调查中，学校的师生已经充任了主力和技术骨干。到六十年代，则已开始了海洋环境水温预报和海洋生态学的研究。七十年代以关注胶州湾的污染为契机，各相关专业的教师开展了更多的合作调查与研究，其后又进一步相互交叉、渗透，为创建我国的海洋环境科学学科做出了奠基性的贡献。1990年经国务院学位委员会批准，青岛海洋大学设立了我国第一个环境海洋学硕士点和博士点。1994年环境海洋学成为山东省重点学科，1998年以“优秀”成绩通过评估验收。1995年国务院学位委员会批准环境化学为硕士点。1998年经国务院学位委员会批准，环境海洋学硕士点、博士后拓宽为环境科学硕士点和博士点，并批准设置博士后流动站。作为环境工程学科主要源头之一的海洋地质学，也可溯源于山东大学地矿系。1987年经国家教委批准，山东海洋学院地质系增设了水文地质与工程地质硕士点，1995年增设近海工程硕士点。1998年经国务院学位委员会批准，拓宽环境地质硕士点为环境工程硕士点，2000年升格为环境工程博士点，2001年整建制调入环境科学与工程学院。