根据2019年2月研究所官网显示，中国科学院深海科学与工程研究所正式编制300人，流动编制350人。截至2018年12月，全所在册职工192人，其中岗位聘用146人、项目聘用40人、博士后6人。在册职工中具有研究生学历141人，其中博士研究生62人。专业技术岗位中，正高级岗位28人，副高级岗位27人。
国务院政府特殊津贴专家（名单不全）：彭晓彤 、吴时国
国家“万人计划”领军人才（名单不全）：彭晓彤
科技部“中青年科技创新领军人才”（名单不全）：彭晓彤
中科院“百人计划”人才（名单不全）：彭晓彤 、荆红梅
根据2019年2月研究所官网显示，中国科学院深海科学与工程研究所下设2个研究部门，分设13个基本研究和技术支撑单元。 此外，研究所还和中国科学院南海海洋研究所、香港科技大学共建了三亚海洋科学联合实验室。
所属研究单元（12个）：深海生物学研究室、深海地质与地球化学研究室、深海地球物理与资源研究室、海洋环流观测与数值模拟研究室、深海极端环境模拟研究实验室、地外海洋系统研究室、深海探测技术研究室、深海信息技术研究室、深海资源开发研究室、深潜技术研究室、深海视频技术研究室、工程实验室
所属技术支撑单元（1个）：分析测试中心
图书资源
中国科学院深海科学与工程研究所图书馆是中国科学院深海科学与工程研究所所属的小型专业图书馆，馆舍还处于筹建中，数字图书馆已上线运行，馆藏以物理海洋学、海洋化学、海洋生物学、海洋地质学及海洋工程学等学科专业书籍为主。图书馆先后购买开通了Elsevier、Nature、Science、AGU、Web of Science、IEEE、CNKI等中国国内外数据库，形成了较完备、系统的文献信息资源体系。根据2019年2月研究所官网显示，研究所图书馆拥有100多个全文、文摘和工具型数据库（包含期刊、图书、会议论文、专利等文献）。
研究所还有海南岛鲸类搁浅记录专业数据库，下设鲸类搁浅数据库（记录了海南岛及其周边海域目前能够收集到的鲸类搁浅信息并进行实时更新）、鲸类分类数据库（给出了鲸类动物较权威的中文名称和分类系统）、中国鲸类物种信息数据库（中国历史上有文献记载的所有鲸类动物的物种名称和分类地位）。
设备设施
“探索一号”为中国科学院深海科学与工程研究所所属的4500米载人潜水器母船及具备通用深水科考、海洋工程应用能力的科考船舶，安装有深海作业绞车系统、测深系统、沉积物采集装置、地震空压机系统、及门架、吊车等辅助机械；主要包括：万米级CTD绞车系统2套及铠装缆1套、万米级地质绞车系统及钢缆1套、光电缆绞车1套（尚无光电缆）、万米测深仪1套、12通道沉积物柱状采样器1套、箱式采泥器1套、活塞柱状采泥器1套、地震空压机及大容量气枪2套、CTD门吊1台、4T伸缩折臂吊1台、8T伸缩折臂吊1台。
中国科学院三亚深海科学与工程研究所“深海地质与地球化学研究室”建立有比较完善的深海地质地球化学分析实验平台，拥有气相色谱、离子色谱、偏光显微镜、气体分析仪、深海原位培养装置等一批中小型仪器设备。
南海地球物理探测与资源学术讨论会
2017年7月8日至10日，由中国科学院深海科学与工程研究所主办，海南省海底资源与探测技术重点实验室承办的南海地球物理探测与资源学术讨论会暨海南省地球物理学会第一届第一次会员代表大会在海南（海口、三亚）召开。会议共同探讨南海地球物理与地质资源前沿问题，共谋海南省海洋地球物理事业发展。
海峡两岸鲸豚研究和保护研讨会
2016年10月17-21日，“第五届海峡两岸鲸豚研究和保护研讨会”在中科院深海所举办。大会包含50个口头报告，共收到64份摘要，内容涵盖海洋哺乳动物生态与保护、声学与行为、遗传与演化、搁浅与救助、生理与毒理等领域，与会专家学者围绕”鲸豚基础研究及相关科学研究服务于鲸豚资源保护”的核心展开交流和研讨。
西北太平洋-南海深海环流观测与数值模拟研讨会
2016年8月26-27日，由深海所和南海所联合主办的“西北太平洋-南海深海环流观测与数值模拟研讨会”在研究所综合楼904会议室召开。会议期间各位专家就西太深渊环流、南海中深层环流、印度洋翻转环流、区域海洋中尺度过程等方面的最新研究工作做了报告，各单位研究生也分别展示了工作进展。
