根据上述职责，市水利局设4个职能科室。
协助局领导组织机关日常工作，对局机关各科室及局属各单位工作进行综合协调和催办督查；负责文秘、档案、信访、宣传、保密保卫、接待、后勤服务等工作；负责人大代表建议和政协委员提案办理工作；负责局机关内部规章制度建设；主持《乐清水利信息》网站运行管理和信息化建设工作；
负责局机关并指导直属单位的机构编制、人事管理、专业技术职务评聘、考核考勤、劳动工资、人才规划、教育培训、计划生育及工青妇等工作；承办普法宣传教育工作；
负责离退休干部管理服务工作；指导全市水利行业劳动保护、安全生产和职工队伍建设工作；管理市级水利资金；
监督全市水利资金的管理和使用；负责指导水利经济和直属单位财务、会计工作；负责局直属单位的国有资产管理；负责对直属单位的经济活动情况进行审计；承办局机关财务工作。
负责指导全市水政执法和水土保持执法工作；负责起草水法规体系建设规划和有关水行政管理的规范性文件；承办乡镇间的水事、水土流失防治、滩涂围垦等纠纷调处；
参与县际间水事纠纷的调处；负责水政监察队伍的管理；
监督水事违法案件的查处；承办水利行政诉讼有关事项和水法规宣传工作；
统一管理和保护水资源；组织制订全市水量分配方案；
组织实施取水和河道采砂许可制度、河道及水工程管理和保护范围内建设项目审批制度、水土保持“三同时”制度、水利规费征收制度；
发布全市水资源公报；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；
监测江河湖库的水量水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见；
审查排污口的设置和扩大；
指导实施全市计划用水、节约用水工作。
组织制订全市水利发展中长期规划、年度计划、流域（区域）水利规划和水利专业规划，并监督实施；协调流域开发工作；会同有关部门制订水中长期供求计划；
组织编制、审查水利、水电、围垦建设项目的建议书、可行性研究报告和水工程环境影响评价报告；
指导全市水利基本建设工作；组织协调水利、水电、围垦工程项目建设；
负责水利、水电、围垦工程项目初步设计的审批和项目的报批；指导、组织水利、水电、围垦建设工程项目招投标活动；
管理水利设计、监理、施工及施工安全、工程造价、质量监督等工作；
组织审核全市水利建设相关单位的资质及执业人员的资格；
指导农田水利、乡镇供水、农村水电电气化和城市防洪工程建设；
组织水利、水电、围垦建设项目的验收；承办水利技术推广工作；
负责管理有关学会协会；负责水利综合统计工作。
负责指导、组织、监督水库、水闸、水电站、堤坝等水利工程管理、运行；
组织实施市管水库、水闸、水电站、堤坝等水利工程的养护及维修、控制运行和检查观测；
监督检查修建工程的施工进度、工程质量及资金使用情况、负责施工技术指导工作；负责编制水利工程管理单位的年度运行费用计划；
负责检查监督水费政策在本市的执行情况；
负责协调防汛抗旱各项工作；
指导实施全市水文工作。
市水利局机关编制为15名（含后勤服务人员1名，离退休干部管理人员1名）。其中：局长1名，副局长2名，总工程师1名；中层领导职数5名。
纪检监察机构按规定设置，人员在编制内配备。
