(一)办公室
负责文电、会务、机要、档案、信访、党群等机关日常工作;承担信息、保密、政务公开、财务、统计、信息化建设、离退休人员服务等工作;负责机关人事管理、机构编制、劳动工资、教育培训、审计专业技术考评等工作;拟定审计工作的政策、规划、年度计划和审计项目计划;承办协管市辖区审计机关负责人的有关事项;监督审计执法行为。
(二)法规审理科
拟订审计业务制度;审理有关审计业务事项,审核审计报告、审计决定、移送处理书等文书;依法检查审计决定执行情况,督促纠正和处理审计发现的问题;牵头起草审计发现问题的纠正和处理结果报告,承担审计成果的综合开发利用工作;承担内部审计的监督工作;承担有关行政复议和行政应诉等工作。
(三)经济责任审计科
组织开展经济责任审计工作,承担全市经济责任审计工作的协调、管理和业务指导工作,指导和监督农村集体经济审计工作,承担市经济责任审计工作部门联席会议有关工作。
(四)财税审计科
组织审计市本级财政预算执行和其他财政收支情况;组织审计市辖区人民政府预算执行、决算和其他财政收支情况;根据上级授权,组织审计市地方税务系统税收征管情况;开展相关专项审计调查。
(五)行政事业审计科
组织审计市直党群机关、行政机关、政法机关、事业单位、社会团体的预算执行情况和决算以及财务收支;开展相关专项审计调查。
(六)固定资产投资审计科
组织审计市人民政府投资和以市人民政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算;开展相关专项审计调查。
(七)企业审计科
组织审计市属国有企业、市人民政府规定的市属国有资本占控股或主导地位的企业和市属国有金融机构的资产、负债、损益;组织审计市驻外非经营性机构的财务收支,依法通过适当方式组织审计市属国有企业和金融机构的境外资产、负债和损益;组织审计国际组织和外国政府贷款、援助项目的财务收支;开展相关专项审计调查。
(八)社会保障审计科
组织审计政府部门管理的和其他单位受政府委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金等专项资金;开展相关专项审计调查。
(九)绩效审计科
组织市级财政支出项目的绩效审计,开展相关专项审计调查,评价财政资金的使用效益。