市场部、咨询部、财务部、综合管理部、规划报建部、招标代理部、项目管理部、工程监理部等八个部门。为了顺应现代企业的发展，南京元星建设工程有限公司还专门设立了信息研发中心，从事信息数据集成管理及远程和现场的监控。南京元星建设工程有限公司拥有注册造价工程师、注册咨询工程师、注册会计师、高级经济师、注册监理工程。

南京元星建设工程有限公司经过不断的摸索和发展，从建筑施工总承包单位逐步转型成为一个以项目为中心，以合同为纽带的专业化项目管理公司，在业主和同行业中具有较高的信誉。南京元星建设工程有限公司从事建筑行业三十余年，有着丰富的工程建设和项目管理经验。在建筑行业中也有较广泛的可利用社会资源。

南京元星建设工程有限公司拥有技术、经济、法律等专家及专业的项目管理技术人员，专业配套结构合理。78人，其中获得高级经济师、注册咨询师、注册会计师、注册造价工程师、注册监理工程师、注册结构工程师、工程师、管理师等专业中级及以上职称以上人员占65%，有博士生3人，硕士生8人，还有多名法律专业人士。