南京林业大学轻工科学与工程学院的历史可追溯到1963年底（当时的南京林学院林产化工系），由著名制浆造纸专家、国际木材科学院院士李忠正先生（时年31岁）为组长、廖品玉（时年30岁）为副组长等十四位青年教师，为当时国家人造纤维工业需要，创立了林化专业下制浆专门化专业方向，学生开始由一九六三年下半年林化专业五年级的四个本科班全部转入本专业方向（为此延长半年时间毕业），另外由当时林化专业四年级本科一个班同时转入。首届共毕业生140位。从此开创了南京林业大学制浆造纸学科教学科研历史的纪元。

1974年前以林产化工（制浆专业方向）招收本科生；1975年暑假后，首次开设了造纸工艺课程，自行建立了以制浆造纸为目的、由制浆专门化转为制浆造纸专门化专业，后以“林产化工（制浆造纸专业方向）”招收本科生；1984年单独设立以“制浆造纸专业” 并招收本科生。于1982年以林产化工（制浆造纸方向）招收研究生，1998年、2002年分别单独获"制浆造纸工程"硕士、博士学位授予权，现有"制浆造纸工程"、"植物资源化学与利用"2个博士点及相应的硕士点。

制浆造纸学科于二○○一年底增设印刷工程专业方向，二○○二年四月成立“造纸与印刷工程系”；二○○三年五月分别独立成立“制浆造纸工程系”和“印刷工程系”。

一九六二年在南京林学院林化系各专业下开设“化工仪表与自动化” 课程；一九七四年在林产化学加工专业下设立“化工仪表与自动化教研组”；一九八九开始招收本研究方向硕士研究生；一九九八年与化工原理教研室一起组建“化工过程与控制”系；二○○一年开始招收“化工过程与控制”专业本科生。

二00八年九月二十六日在原制浆造纸工程系、印刷工程系和化工过程与控制系的基础上，成立了轻工科学与工程学院。