根据上述职责，县水务局设7个职能股室。
协助局领导处理机关日常工作。组织协调机关政务和目标管理工作，承办综合材料、公文处理、政务信息、行业宣传、文秘档案、保密信访、计划生育、保卫消防、车辆管理、机关事务管理工作；组织办理人大、政协有关建议批评、意见和提案；组织编辑行业史志和大事记；指导本系统计划生育、社会治安综合治理、精神文明、爱国卫生等工作，负责重大会议和重要接待以及局机关内部规章制度建设。
承办党委日常工作。负责机关和直属单位的党务、组织、人事工作，以及政治思想工作和精神文明建设，负责局中层干部及直属单位领导班子考察、管理和调训工作，指导局属单位群团工作，落实实施公务员制度，负责机构编制、劳动工资、人事管理、社会保险、退休人员的管理工作，负责指导局直属单位专业技术人员的专业技术的职务评聘、年度考核、职工培训、人事劳动统计和人事档案管理工作，负责水利服务体系建设工作。
负责编制全县水利行业财务中长期规划和年度计划，并实施财务、会计和专项经费的综合管理(含机关财务管理)；拟定全县水利、水产投资计划，组织资金衔接、协调调度、监督管理；研究提出有关水利的价格、财务等经济调节意见；负责全县水利系统国有资产的监督管理；负责局直属单位的经济活动、经济责任、财务收支、国有资产的审计监督，负责固定资产、医疗保险等工作。
指导和管理全县农田水利基本建设、人畜饮水、农田水利工程管理改革等工作；负责编制全县水利工程基本建设发展规划和建设年度计划，组织实施有关技术规程、规范和标准。负责水利建设项目按基建程序审查转报和县管项目投资计划的协调衔接工作。负责水库、河道、渠道等水利设施的整治或岁修，小水利工程建设的施工质量监督。负责全县水利设施基本建设进行行业管理，参与水利工程招标投标、工程验收和审核工程项目决算工作。负责水库大坝的安全鉴定和病险工程的整治；指导水利工程安全管理；承办水利工程管理及水利综合经营发展的日常工作；拟定管理和保护河道、水库等水域、岸线、河堤的规章制度技术标准，并监督实施，负责全县重要河道的综合治理开发，河道“三线”划定及清障工作，负责监督江河沿岸管护范围内建设(占用)许可证和河道采砂许可证的发放；负责指导年度水土保持计划的实施，监督指导水土流失综合防治和水土保持预防监督。
负责全县水资源的统一管理工作。负责宣传贯彻执行水利电力法律、法规；组织起草配套的办法及规范性文件，并监督实施；指导全县水政监察规范化建设和管理；协调并仲裁部门间、跨乡（镇）的重大水事、渔事纠纷，承办水行政复议和普法教育工作，组织编制全县水资源总体规划、流域规划、专业规划以及全县水资源保护规划，负责水资源保护工作。组织实施取水许可制度，负责审批全县的取水许可申请工作。指导监督水资源费的征收。负责全县各行业水资源论证和水环境影响评价工作。监管水环境治理和保护，会同有关部门对液体、固体废弃物污染水体的重大水事案件进行调查和处理。
（挂县节水办公室牌子）
负责全县城乡（镇）的供、排水管理和业务技术指导。拟定全县和乡（镇）中长期供水计划、节约用水规划，供、排水系统、污水处理厂布局规划。组织指导和监督计划用水、节约用水工作。负责城乡（镇）供水、节水、排水的污水再利用管理及水的调度工作，建立节约用水标准和节水考核指标体系，组织节约用水考核，应用推广节水技术与器具。组织对水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制。组织实施排污水申报登记、排污水许可制度。监测江河湖库的水量、水质，审查向湖库、河道排污口的设置和扩大，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见。
宣传贯彻有关农村电气化、农网改造、以电代柴工程方面的方针、政策，组织实施职责范围内的地方电力管理工作，指导水利行业地方电站电网管理，实施技术监督，组织实施农村电气化建设，组织指导全县城镇及农村电网改造工作，配合有关部门做好农村电气化价格测算、检查、监督，实施工程项目的环保方案。
