1．办公室 处理局机关日常政务；起草和审核有关文件、报告；协调机关内、外部工作关系，制定系统年度工作计划和机关工作制度；负责会议组织、文秘、档案、信访、保密、信息、宣传以及财务和行政事务管理工作；负责系统基础设施建设、装备和固定资产管理工作。

2．政策法规科 组织税收法规、规章以及重要税收政策的调研，承办重大税收案件的审理和行政处罚工作；办理税务行政诉讼、行政复议和行政赔偿工作；负责地方税务系统普法教育和规范性文件审查备案工作，承办地方税务公告等事宜。

3．税政一科 负责营业税、资源税、城市维护建设税、城镇土地使用税、房产税、车船税、印花税、土地增值税、烟叶税的管理工作，监督检查有关税收政策执行情况；参与有关税收计划的编制，督促、检查和考核计划落实情况；开展有关税源普查和监测；参与有关偷逃抗欠税案件的处理。

4．税政二科 负责企业所得税、个人所得税政策的管理工作，监督、检查有关税收政策的执行。参与有关税收计划的编制，督促、检查和考核计划落实情况；开展有关税源普查和监测；参与有关偷逃抗欠税案件的处理。5．国际税务管理科 主要负责税收协定执行、反避税、情报交换、国际税务事项管理及现行涉外税收政策实施等工作。

6．基金（费）征收科 负责社会保险费、水利建设基金、文化事业建设费、教育费附加、地方教育附加费等基金（费）的征收管理工作；研究拟定各项基金（费）征收管理的具体办法并组织落实；开展基金（费）政策的有关调研工作。

7．征收管理科 贯彻实施税收征管法；研究拟定综合性税收、个体税收征管的制度和办法；负责地方税收征管改革的组织实施工作；负责税务登记、纳税申报、普通发票和税收征管资料的管理工作；负责地方税收执法保障体系建设。

8．计划财务科 负责编制地方税收入计划，分析收入计划执行情况并检查、督促和落实；贯彻执行会计和财务制度，实施税收会计核算和会计监督；负责税收票证和基金（费）票证的管理；负责各项经费的管理；负责地方税源的统计和调查研究工作。

9．人事教育科 负责本系统机构编制、人事管理工作；承办所辖地方税务局（分局）正副局长及相当级别干部管理的有关工作；负责教育培训、思想政治工作和精神文明建设；负责离（退）休人员的服务管理工作。

10．监察室（财务监督科） 负责党风廉政建设工作；受理对单位和个人违法违纪行为的人民来信以及违纪单位和个人对所受处理、处分不服的申诉；按照管理权限，调查和处理违法违纪案件；监督检查本系统年度财务收支、经费预算执行情况；负责干部的离任审计工作；监督检查审计决定执行情况及其他审计事项。

11.机关党委办公室 负责局机关和直属单位的党、团组织和工、青、妇工作。

12.信息中心 负责本系统税务信息化工作，行使信息化行政管理职能和提供技术管理、技术支持和技术保障。