省局设4个直属机构，级别为正处级。

1.稽查局

组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调、督办税收违法案件的查处；受理税收违法案件的举报，办理重大税收违法案件的立案和调查的有关事项并提出审理意见；牵头组织实施税收专项检查和税收专项整治工作；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作；指导、协调系统税务稽查工作。

稽查局设7个内设机构（正科级）：办公室、综合选案科、检查一科、检查二科、检查三科、案件审理科、案件执行科。

2.第一稽查局

负责安徽省国家税务局指定的大企业集团及全省重点税源纳税人和重大税收违法案件的检查工作。

3.第一直属税务分局

负责安徽省国家税务局指定的大企业集团及全省制造行业、服务行业重点税源纳税人中年纳税额超亿元企业、外资企业、跨区企业和上市公司的监控和评估。

4.第二直属税务分局

负责安徽省国家税务局指定的大企业集团及全省特定行业、其它行业重点税源纳税人中年纳税额超亿元企业、外资企业、跨区企业和上市公司的监控和评估。