根据上述职责，县审计局设5个职能股室。

（一）办公室

组织协调机关日常工作；负责局机关文电、会务、机要、档案、宣传、信访、财务、人事管理、机构编制、教育培训、保卫等工作；负责局机关单位离退休人员的管理服务工作；拟订审计工作规划，安排年度审计项目计划。

（二）行政事业审计股

组织县级预算执行和其他财政收支情况审计；组织乡镇人民政府预算执行、决算和其他财政收支审计；开展相关专项审计调查；拟订行政事业单位审计工作计划并组织实施；综合行政事业、财政审计工作情况；负责审计县政府主管部门和其他受县政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金、彩票公益金；负责审计县级机关（单位）及其直属单位的财务收支；负责审计县法院、检察院、公安局、司法局及所属单位的财政财务收支；开展相关专项审计调查；负责送达本股审计项目审计结论法律文书；督促本股审计项目审计建议落实和审计决定执行；承担本股审计项目行政复议、行政应诉等工作。

（三）企业审计股

负责审计县属国有企业和县政府规定的县属国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益；开展相关专项审计调查；负责审计县级相关部门（单位）及其直属单位的财务收支。负责送达本股审计项目审计结论法律文书；督促本股审计项目审计建议落实和审计决定执行；承担本股审计项目行政复议、行政应诉等工作。

（四）商贸审计股

负责审计县属或县属国有资本占主导或控股地位商贸流通企业的资产、负债和损益；开展相关审计调查。负责审计县属国有金融机构、县属专门从事长期股权投资或长期债权投资活动的国有企业和县政府规定的县属国有资本占控股或主导地位金融机构的资产、负债和损益；开展相关专项审计调查；负责审计国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支；依法通过适当方式组织审计县属企业和金融机构的境外资产、负债和损益；负责审计县级相关部门（单位）及其直属单位的财务收支。负责送达本股审计项目审计结论法律文书；督促本股审计项目审计建议落实和审计决定执行；承担本股审计项目行政复议、行政应诉等工作。

（五）固定资产投资审计股

负责审计全县重点建设项目、县投资和以县投资为主的建设项目预算执行情况和决算；负责审计县级相关部门及其直属单位的财务收支；开展相关专项审计调查；负责审计县级相关部门（单位）及其直属单位的财务收支。负责送达本股审计项目审计结论法律文书；督促本股审计项目审计建议落实和审计决定执行；承担本股审计项目行政复议、行政应诉等工作。