根据上述职责，巫溪县水务局设7个内设机构：

（一）办公室（群众工作科）。

负责电文、会务、机要、档案等机关日常运转工作，承担信息、保密、信访、群众工作、纪检监察和综合协调、督查督办、新闻宣传等工作，负责机关规章制度建设；负责机关和所属单位的干部人事、机构编制工作；编制部门预算，承担机关并指导所属单位的财务管理和内部审计工作，承担县级水利资金和国有资产的监督管理工作，提出有关水利价格、收费、信贷的建议。

（二）规计基建科。

拟订水利战略规划，组织编制水利综合规划、专业规划和专项规划；负责水利建设项目前期工作的组织协调，承担市、县立项的水利建设项目的项目建议书、可行性研究报告的审查、报送工作；负责水工程建设项目合规性审查；承担水利综合统计工作；负责水利基本建设的行业管理，指导水利建设市场的监督管理；组织协调全县水利建设项目的建设和管理；指导、监督水利工程建设监理、质量、经济定额和招投标工作；承担移民及后期扶持日常工作。

（三）水政水资源科。

研究提出水利方面的政策建议，起草水利规范性文件；负责机关规范性文件和县级水利行政许可审批项目的合法性审查工作，指导水利行政许可工作并监督实施，承担行政许可、行政处罚的听证组织工作；组织实施取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度，组织水资源调查、评价和监测工作，拟定水量分配、水功能区划和水资源调度方案并监督实施；负责水行政许可窗口的日常工作；组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划；审核重要水功能区的水域纳污能力，提出限制排污总量的控制意见，指导、监督入河口设置工作；承担城市供水水质监督管理工作；承办城镇污水管理费征收的管理工作；负责计划用水、节约用水工作。

（四）水利科。

负责拟定全县水利发展规划并监督实施；负责机电提灌管理工作；组织、指导已成水利工程的运行管理和除险加固工作；指导农田水利基础设施建设、农村水利社会化服务体系建设和农村水利工程管理体制改革；组织、指导镇乡集中供水、农村安全饮水工作；组织指导节水灌溉和大中型灌区工作。

（五）水土保持科。

承担水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划并监督实施；负责水土流失监测及有关滑坡、泥石流预警工作；审批开发建设项目水土保持方案并监督实施；组织实施水土流失防治费和水土保持补偿费征收制度。

（六）安全法制科。

贯彻执行安全生产有关法律、法规、规章、政策和技术标准；负责水利工程建设与运行的安全监管及考核、考评；负责水利安全事故的调查处理。

（七）纪检监察室。

负责党风党纪和遵规守法宣传教育，检查党的路线、方针、政策及决议贯彻执行情况，协助党组织加强党风廉政建设；查处党员违纪违规案件；负责纪检监察其他日常工作。