1. 围绕华南地区今后10年内必须解决的河流湖泊等受污染水体修复、城市水环境质量改善、饮用水安全等重大问题，主要集中在以下几个方面进行研究：高浓度有机废水治理的高效、低耗、普适技术与成套设备；污水和底泥中难降解有毒有害污染物的高效去除技术；污水深度处理与回用技术；饮用水安全保障技术；高效低耗的脱氮脱硫大气污染物控制技术。

2. 重金属污染水土生物修复理论与技术；有机污染物的环境生态效应和生物修复机理与技术；湿地生态修复与补偿等三个分支。研究涉及华南地区矿业废弃地、工厂搬迁遗留地、受污染农地生态系统恢复的技术与方法。同时进行人工湿地技术研究，即利用湿地资源净化污染和修复环境，对环境进行生态修复与补偿。

3.利用中山大学在水环境与大气环境模拟及预测技术领域的传统优势，以华南地区为对象，针对典型的区域环境问题开展水环境和大气环境模拟及预测研究，并实现学科交叉，开展大气-水环境耦合模拟研究，揭示污染物在环境中迁移转化规律和环境变化的趋势，提供环境变化预测和环境灾害预警服务。探索大气、海洋、水体、土壤的环境监测、监控新手段和新方法的研究，研制新型的监测仪器仪表，研制远程控制自动水质和空气质量监测系统和移动监测系统，提高环境监测能力。

4. 可持续发展理论与战略研究；区域社会经济发展可持续技术与方法研究；区域环境规划、环境影响预测分析评价研究。重视政策与发展规划的研究，在政策被执行前先行评价政策与规划的环境效果，并研究评价经济效果与环境效果权重的方法和技术。为区域经济发展的工业、农业等项目的改造与建设提供环境咨询和环境评价研究，为保护区域环境提供科学的数据和有力的技术支持。