根据上述职责，区水务局设 9 个内设机构：

（一）办公室（挂行政审批科牌子）

协助局领导对各科、室、站工作进行综合协调，负责局机关日常工作和目标管理工作；负责局机关文秘档案、保密、保卫、政务信息、信访、后勤保障等工作；负责社会治安综合治理、安全生产工作；组织办理人大代表建议和政协委员提案；组织编写区水务志和行业大事记；负责局机关内部规章制度的制定和实施；处置水务突发事件的应急工作。

（二）政策法规科

负责拟订全区水务工作政策和法制建设规划；负责水务工作的地方性法规、规章和政策性文件的调查研究和宣传工作；制定水务改革方案；负责水务行政执法的指导监督工作；协调并仲裁部门间、跨镇（街办）的重大水事、渔事纠纷；承办行政诉讼、行政复议和普法教育工作；负责全区水务行业的对外宣传工作。负责组织编制全区水务行业科学技术发展规划和年度计划，并组织实施；组织水务行业科学技术研究和重大科技成果的审报、应用和技术推广；统一管理水务行业科技情报工作，组织水务系统科技外事活动；承办水务行业对外经济技术交流与合作。

（三）规划建管科

负责拟订全区水务行业综合发展战略；组织编制水务行业中长期发展规划及年度计划；负责全区水务行业基本建设项目建议书和可行性报告的编制、审查、报批和工程建设管理（含小水电站）工作；组织编制水域、流域或区域综合规划和专项规划，协调水域、流域开发工作；承办涉河（渠）建设项目的审批工作。

（四）水资源科

统一管理水资源，编制全区水资源总体规划、流域规划和水资源保护规划；组织水功能区划分；负责全区国民经济整体规划、城市规划的水资源论证；负责自备井管理；负责取水许可证的核发，负责水资源费的征收；负责拟订全区节约用水政策。编制全区节约用水、计划用水规划，并组织实施；负责组织指导和监督计划用水、节约用水工作；负责节约用水的宣传、教育工作；负责供水取水计量设施的监督检查。

（五）供排水管理科

负责编制全区中长期供排水规划、水量分配方案并监督实施；负责城镇、城乡供水和农村饮水的供水管理；承办供排水设施等项目的编制、申报、立项；负责全区城镇供水管理和供水企业的行政管理与技术业务指导；负责全区污水处理、再生水利用的行业行政管理工作；组织实施城市排水设施、排水接管、排污口设置的行政管理，办理排水许可；制定水功能区的划分和行政监督管理工作；负责污水处理费的征收。

（六）水利水保科

编制全区水利建设中、长期规划，制定并实施年度水利建设计划；负责全区农业灌溉用水和节水工作；指导全区农田水利基本建设和渠系的整治配套、丘陵治旱工作；按照分级管理原则，负责区管水利工程建设、管理、调度运行及工程安全；负责水利工程项目的建设规划、储备、申报和立项；负责水利工程质量监督、质检验收；负责全区水环境综合治理工作；负责行业统计工作；负责全区水土保持工作，编制全区水土保持中长期规划、年度计划并组织实施；负责全区国民经济整体计划，城市规划和重点项目的水土保持方案的论证、综合治理并监督实施；负责收取水土流失防治费和水土保持设施补偿费；负责全区水土流失的监测及治理。

（七）水产科

负责全区水产资源、渔业水域环境保护、渔政管理工作；负责编制和组织实施全区水产业的中、长期发展规划、年度计划和渔业资源保护规划；负责水产建设项目立项报审工作；负责全区水产名、特、优、新品种的推广应用与开发，搞好科技服务；负责全区水产品食品安全工作；负责办理渔业相关许可和资源增殖保护费的征收工作。

（八）计划财务科

编制并组织实施部门预算、年度财务收支计划；负责组织水利基金的征收；负责水资源费、污水处理等费核算管理；制定系统内部财务管理规章，并监督执行；负责资产管理、内部审计工作；搞好财务核算，财务管理；负责本系统财会人员的培训工作。

（九）政工人事科教科(挂纪检监察科牌子)

负责机关和下属单位的人事管理；负责本系统和机关党建、思想政治工作和精神文明建设工作；负责机构编制、人事劳资、离退休人员服务管理工作；负责组织行业科教、宣传、职工培训、职称评定等工作；负责对本局干部职工党纪、政纪、反腐纠风和廉政建设等方面的教育。