酸碱污染主要由进入废水的无机酸碱，以及酸雨的降落形成。矿山排水、黏胶纤维工业废水、钢铁厂酸洗废水及燃料工业废水等，常含有较多的酸。碱性废水则主要来自造纸、炼油、制碱等工业。水样的酸碱性在水质标准中以pH来反映，pH<7呈现酸性，pH>7呈现碱性。一般要求处理后污水的pH在6~9之间。天然水体的pH的一般为6~9，受到酸碱污染会使水体的pH 发生变化。酸性废水的危害主要表现在对金属及混凝土结构材料的腐蚀上，碱性废水易产生泡沫，使土壤盐碱化。
废水中能对生物引起毒性反应的化学物质，称为毒性污染物，简称毒物。工业上使用的有毒化学物质已超过10000种，因而已成为人们最关注的污染类别。毒物是重要的水质指标，各种水质标准中对主要的毒物都规定了限值。废水中的无机毒物分为金属和非金属两类。
（1）金属毒物污染：金属毒物主要为重金属（相对密度大于4~5）。重金属主要指汞、铬、镉、铅、镍等生物毒性显著的元素，也包括具有一定毒害性的一般金属，如锌、铜、钴、锡等。
（2）非金属毒物污染：重要的非金属毒物有砷、硒、氰、氟、硫(S2-)、亚硝酸根离子（NO2-）等。砷中毒能引起神经紊乱，诱发皮肤癌等；硒中毒能引发皮炎、嗅觉失灵、婴儿畸变等；氰中毒时则能引起细胞窒息、组织缺氧、脑部受损等，最终还可能因为呼吸中枢麻痹而导致死亡；氟对植物的危害最大，可以使其致死；硫中毒则会引起呼吸麻痹和昏迷；亚硝酸盐在人体内会与仲胺生成亚硝胺，从而具有强烈的致癌作用。
