生产上的杂交棉种的生产方式主要有两类三种，即人工去雄授粉法和不育系制种法（包括核不育一系两用法和质核互作三系不育系法）。
人工去雄授粉法。是生产杂交种的最主要方法，市场上销售和应用的品种90%以上是应用这种方法生产的。父母本均为普通的棉花品系。在开始授粉之前要清理底部已经开发的花蕾和自交成铃；在每天下午和第二天早上六时之前需要将即将开放的花蕾去雄并且在早六时离开制种田；离开制种田后要组织人员清理漏去雄的花蕾；要检查去雄是否彻底，有无遗漏雄蕊（米粒）；整个授粉结束后要连续一周清理无效蕾；要清理授粉期间产生的自交铃。
核不育一系两用法。这种方法母本田中可育株和不育株各占约50%，将母本田中的可育株和不育株兄妹交子代仍产生可育株和不育株各占约50%，这样可以生产母本；将母本田中的可育株拔除剩余不育株和父本（即恢复系）杂交，可以生产应用于生产的杂交种。
质核互作三系不育系法。所谓三系指不育系、保持系、恢复系三系。不育系和保持系杂交子代仍为不育系，这样可以生产母本；不育系和恢复系杂交，可以生产应用于生产的杂交种。这种方法中的不育系不育株率和不育度均为100%。
各种应用方法的利弊见下表。
| 组合自由度 |
生产工序繁杂程度 |
用工量 |
劳动强度 |
产量 |
成本 |
纯度 |
监管难度 |
亲本保密性 |
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| 人工去雄授粉法 |
高。任何品系均可测交筛选组合 |
生产工序繁杂。需要清漏花、清自交铃、检查去雄是否干净。 |
多。每公顷日用工50－60人,仅授粉期间需用工1500－1900个。 |
高。每天工作时间12个小时，人员难组织。 |
高。一般毛籽产量为1650－2250kg/hm2。 |
高。毛籽回收价格37－40元/kg。 |
较高。因存在剥大花、自交铃等问题，纯度较难保证。 |
大。监管时间长，工作程序多。 |
不易保密，亲本容易流失。在播种收获各环节都可能出现亲本流失问题。 |
| 核不育一系两用法 |
中等。任何品种均可作父本测交筛选组合，但仍需转育新的不育系，组合仍受一定限制 |
中等。在现蕾15天之后才可以拔除母本田中可育株；不用去雄，仅需授粉。 |
中等。每公顷拔除可育株需用工100个左右，授粉期间用工30－45人/日，折合15－23个工。总用工550－700个。 |
低。除拔除可育株时全天用工外，仅上午授粉3个小时，人员较易组织。 |
低。一般毛籽产量为1300－1600kg/hm2。 |
不详，应比人工去雄法低。 |
较高。可育株拔除不干净F1可能出现不育株。 |
中等。拔除可育株是关键环节，必须多次拔除。 |
不易流失。 |
| 质核互作三系不育系法 |
低。需转育新的不育系或（和）新的恢复系。 |
简单。不需提杂，不用去雄，直接授粉。 |
少。授粉期间每公顷日用工30－45人，折合15－23个工。总用工450－600个。 |
低。仅上午授粉3个小时，人员易组织。 |
高。一般毛籽产量为1500－2250kg/hm2。 |
低。毛籽回收价格26－30元/kg。 |
高。不存在杂交铃等纯度问题。 |
容易。 |
不可能流失配套亲本。三个材料不在一地制种，基本不可能流失配套亲本。 |
