1955年，《植物生态学与地植物学资料丛刊》创办，内部资料。
1958年-1960年，《植物生态学与地植物学资料丛刊》改为季刊发行。
1963年-1965年，改名为《植物生态学与地植物学丛刊》并且为半年刊。
1981年-1985年，《植物生态学与地植物学丛刊》改为季刊。
1986年，改名为《植物生态学与地植物学学报》并且为季刊。
1994年—2009年，改名为《植物生态学报》并且由季刊改为双月刊。
2010年，《植物生态学报》改为月刊发行。
2014年，被原国家新闻出版广电总局第一批认定为学术期刊。
