堆肥有两个主要的优点：一是可以把令人讨厌的废弃物转变为易于处理的物料；二是能创造有价值的商品即堆肥产品。但是不利的方面是，堆肥往往需要时间，也面临众多风险。人们不能简单地把粪便堆在牲口棚的后面，然后打算几个星期后得到好的堆肥产品；一个成功的堆肥企业如同其他任何工程一样，需要长期积累经验 。
堆肥的优点主要包括土壤改良、生产可出售的产品、改善粪便处理、提高土地利用、降低污染和卫生风险、杀死病原菌、使用堆肥作垫料替代物、抑制病害以及获得处理或倾倒费 。
1.土壤改良
2.可出售的商品
堆肥最具吸引力的特征之一就是产品有市场。潜在的消费者包括庭院种植、园林、菜农、草坪种植者以及高尔夫球场经营者等。由于被看做一种废弃产品，堆肥的价格变化很大，其价格主要由本地市场需求、堆肥质量以及原材料价格等决定。
3.改善粪便处理
堆肥可以减轻粪便的质量、水分含量和活性，便于处理，并在没有臭气和苍蝇的问题下得到很好的贮存。
4.改善土地利用
堆肥和粪便都有肥料价值，都是良好的土壤改良剂。但是粪便堆肥后有点多：堆肥可以使粪便中的氮素转变为更加稳定的有机氮；堆肥过程产生的热量可以减少粪便中杂草种子的数量。
5.降低污染风险和臭味抱怨
农业生产特别是养殖业不断规模化的过程中，养殖粪便和臭气开始成为一种负担而不是财富。特别是对一些企业来说。堆肥可以减轻这些问题的影响。由于堆肥产品通常有需求，因此其出路就不是问题。堆肥可以贮存和处理的性质允许它可以被运到比粪便和其他原料更远的地方。一个运行良好的堆肥设施基本不会产生臭气和苍蝇，堆肥还可以把氮转变为不容易渗进地下水或者被径流冲走的形态。
6.杀灭病原菌
当动物因为原生动物而产生腹泻时，它的粪便中就含有大量的该原生动物的包囊。这些原生动物暴露在摄氏60℃的条件下30min可以被杀死。堆肥过程中的温度可以达到摄氏60℃，但堆肥靠近表层的部分可能达不到这个温度，翻堆可以使所有的原料都达到所需的温度。
7.垫料替代物
堆肥被用在家禽和牲畜的垫料上。研究和试验表明堆肥基本上是安全和有效的垫料。
8.抑制疾病
已经发现良好的堆肥可以在不使用化学药物控制的情况下减轻植物的土传染病害。堆肥的这种抑制病害的特点已经开始被广泛地认识和认可 。
堆肥的缺点包括费时、臭气污染、易受天气影响、市场销售、原料分散等方面 。
1.费时和成本高
像其他工程一样，堆肥也需要设备、人力和管理。如果有现成机械和设备的话，堆肥的最初投入会非常低。这种方式对原料相对小的农场很合适，但是大部分中型、大型的堆肥厂已经发现仅利用现有设备会需要太多的人力，因此应购买专门的堆肥设备。堆肥设备中少的价格需要10万左右，好一些的则需要100万以上。
2.占用土地
堆肥场地、原料贮存以及堆肥成品的贮存都需要占用相当多的土地，有时甚至是建筑用地。
3.臭气污染
说堆肥没有臭气是失实的。尽管堆肥过程的最终产品是没有臭气的，但是用来堆制堆肥的有些原料确实会产生臭气。知道他们被堆制前，这些活性的原材料，如粪便、污泥以及食品垃圾都能产生臭气，特别是它们被放置一段时间后。如果处理不当，也可能在堆制过程中产生臭气。
4.易受天气影响
寒冷的天气会降低堆肥物料的温度，也使得堆肥过程变慢。它还可能导致其他的问题，如原料设备冻结。雨和雪的潜在影响更加严重，大的降雨量会增加堆肥混合物的水分，因此延长了堆肥的时间。
5.流失氮素的可能
堆制过的堆肥常常只含有新鲜粪便不到一半的氮素。一个好的粪便控制系统应该保留住绝大部分的氮素，堆肥实际上就代表了氮素损失的一条潜在途径。但是，除了土壤混合和恰当的贮存，粪便中的氮素会很快释放到大气，最后可能比堆肥中的残留的氮素还要少 。
