根据上述职责，市国土资源局设13个科内设机构。
负责文电、综合会务、接待、档案、机要等机关日常运转工作；起草局机关重要文件、材料、领导讲话稿；承担信息、保密和新闻宣传工作；统筹协调局信息化和政务公开工作；负责执行局制定的治安保卫管理和卫生管理制度；负责对驾驶员进行安全教育;负责本局机关车辆的日常维护、保养、维修，按工作需要安排用车；负责局机关大院及宿舍区、卫生责任区的环境卫生、绿化美化工作；负责重大节日机关大院的装饰工作 ；做好外来接待、会务接待工作；具体办理基建、水电、通信等维修事项；负责局机关土地、房产等固定资产管理，办公用品的购置与维护管理。
负责与市政务服务中心的协调联系，接受市政务服务中心的指导。牵头负责本局行政审批事项，统一受理行政审批申请，统一送达行政审批决定；负责协调有关业务科室(分局)办理土地登记、采矿权登记、探矿权申请等行政审批及登记工作。
承担与国土资源有关的地方性规章、规范性文件草案的起草、修改和审核工作；组织国土资源法律法规的宣传教育；办理有关听证、行政复议、应诉等事宜；调研和起草全市有关土地资源、矿产资源的综合性政策建议；组织对土地资源、矿产资源法律法规执行情况进行监督检查；草拟我市土地、矿产执法监督和违法案件查处的规定；受理群众对土地、矿产、测绘方面违法行为的举报；组织对土地规划、矿产规划的执行情况以及农地转用、土地征收征用、土地资产处置，建设用地供应，土地、矿产资源开发利用和保护，土地、矿产资源市场的监督检查；依法组织查处重大土地、矿产资源违法案件。
贯彻执行国家、自治区和本市有关财经方针政策和财务会计制度，草拟本市有关国土资源的财务会计管理制度，对局本级和直属单位的财务和国有资产进行监督管理；依法承担国土资源专项收入征收管理工作；承担国家和地方财政拨给的耕地开垦费、矿产资源补偿费、探矿权和采矿权使用费等专项经费和其他资金的财务管理工作；负责本局行政拨款资金、返还经费的使用管理；组织编制经费预算和决算；负责本局土地出让收入和各项行政事业性收费的财务管理工作。
组织研究全市国土综合开发整治的政策措施，组织编制和实施全市土地利用总体规划、矿产资源总体规划、基本农田保护规划、土地开发整理复垦规划及区域性国土专项规划；指导和审核县（市、区）、乡（镇）及重点区域的土地利用专项规划、矿产资源总体规划、基本农田保护规划、土地开发整理复垦规划和相关国土专项规划的编制；参与全市性国民经济发展规划、城市总体规划的会审工作；负责编制全市土地利用年度计划和计划指标的实施管理工作；负责建设项目用地预审工作；参与报国务院和自治区人民政府审批的用地规划审查;承担综合统计和市内专业统计归口管理工作，开展国土资源经济形势分析。承担基本农田保护、农用地转用、土地征收征用和土地整理、复垦、开发管理工作；承担耕地保护责任目标考核的有关工作，监督检查基本农田保护和占用耕地补偿制度落实情况；承办报国务院和自治区人民政府审批的用地事项的审核工作；负责全区征地批后实施的监督管理工作。参与国土资源厅和市国土资源局审批的各类建设项目临时用地的审查；负责土地开发、整理、复垦项目的审查报批；负责市局批复立项的县级土地开发项目新增耕地的验收和复核；负责组织自治区和市级专家库对全市土地开发整理复垦项目规划设计和预算进行审查和批复；负责全市土地开发整理复垦项目招投标方案的审查和批复。
