根据以上职能调整，市水务局的主要职责是：

(一)负责实施《水法》、《水土保持法》、《防洪法》等水利法律、法规和方针政策，制定全市贯彻实施细则、办法，实行依法治水、依法管水。

（二）制定全市水利发展战略、水利建设规划，水资源保护、防洪、供水、节水、水土保持等专业规划，并监督实施；组织有关国民经济总体规划、城市规划及重大建设项目的水资源和防洪的论证工作；负责水利科研及组织重大水利建设项目的设计、施工。

（三）主管全市防汛防旱（包括城市防洪）工作，承担市防汛防旱指挥部的日常工作。

（四）统一管理全市水资源（含空中水、地表水、地下水）；组织拟定全市水中长期供求计划、水量分配方案并监督实施；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；归口管理全市计划用水、节约用水工作；负责组织全市水资源的监测和调查；组织指导水政监察和水行政执法工作，受市政府委托协调部门之间和边际之间的水事纠纷。

（五）负责全市水利建设资金安排、使用、管理和工农业水费等水利规费的收缴、管理、使用工作。

（六）主管全市江、河、滩地、水域及其岸线的综合治理、开发、利用和全市水土保持工作。负责沿江防汛、排涝的规划工作，协助沿江排涝站的建设工作，监督穿堤建筑物的施工。

（七）对水利工程进行行业管理。

（八）负责全市水利经济（包括列统工业、水利建筑业、综合经营）的指导、管理工作。

（九）指导全市农水工作，协调农田水利基本建设；指导节水灌溉和全市城乡供水工作；指导全市中低产田改造中水利方面的工作；指导全市农村水利服务体系建设。

（十）组织全市水功能区划分与监测江河水质，审定水域纳污能力；参与流域水污染防治规划的编制和实施；负责审批并监督在江河、渠道等水利工程内排污口的设置；负责水利工程建设、污水处理和水污染期间的水源调度及水污染处置工作

（十一）完成市政府交办的其他事项。