根据上述职责，市水务局设6个职能科室：

（一）办公室（挂“工业科”牌子）

协助局领导组织机关日常工作，对各科室进行综合协调；负责机关内部规章制度建设；负责市水利、防汛等重要会议的组织、公文处理、政务信息、史志、信访、文档、新闻宣传、保卫、保密及机关行政后勤工作；负责研究制定全市水利经济发展的实施意见和指导、管理工作。

（二）财务审计科

负责全市水利系统财务会计和审计工作的行业管理；负责企市各类水利资金的管理；负责全市水费、水资源费及其他规费的计划财务管理；按照国家有关规定，对市水利系统国有资产的保值增值进行监督，对各单位财务收支及经济效益进行审计、监督；主管局属单位的财务工作；组织基层财会人员业务培训。

（三）农村水利科（挂“设计室”牌子）

指导全市农田水利建设工作。负责制定全市农田水利工作的整体规划、计划及上报省市列项的重点工程的可行性论证、设计任务书的编制工作；负责全市农水配套桥梁的设计、施工和水利建筑工程质量监督、造价管理；负责基层服务体系的建设工作；配合有关部门做好专项资金的使用、管理工作；负责水利工程技术研究及推广工作；组织基层水利站工程技术人员技术培训。

（四）工程管理科

负责全市江、河、滩地、水域及其岸线的综合治理和开发、利用；负责市属闸、涵、站及干河水利工程管理和保护；对全市水利工程的防洪安全进行行业管理；制定全市防汛防旱计划（包括城市防洪），并组织实施；组织闸（站）工人技术培训。

（五）水政水资源科（挂“节约用水办公室”牌子）负责实施水利法律法规，制定全市贯彻实施细则、办法；负责全市水资源统一管理、保护和监督，组织实施取水许可制度；制订中长期水供求计划和水量分配，并组织实施；负责全市城乡供水、节约用水、计划用水工作；负责组织全市水功能区划分与监测江河水质，审定水域纳污能力；参与流域水污染防治规划的编制和实施；负责审批并监督在河流、渠道等水利工程内排污口的设置；负责水利工程建设、污水处理和水污染期间的水源调度及水污染处置工作。负责管理全市水行政执法工作，协调水事纠纷；负责归口管理全市凿井、取水施工队伍的资质管理和行业管理；负责全市水资源费和预算内规费的征收、解缴工作。

（六）人事科（挂“党委办公室”牌子）

负责局机关及下属单位的人事、劳动工资管理工作；负责全系统组织、宣传、工会、妇联、共青团等工作；负责老干部工作；负责股级以下干部和职工的培训、选拔、考察以及考核、奖惩工作；组织本系统实施国家公务员制度；组织实施全市水利专业技术职称评聘工作；指导并协助有关科室对全市水利职工进行技术培训和考核。