根据上述职责，市住房公积金管理中心设3个内设机构：

（一）办公室

负责日常行政事务的组织、协调、督办和对外联络接待工作；负责文秘、档案、信访、信息宣传及安全生产工作；负责党群、政工人事、依法行政、职工教育、计划生育等管理工作；负责计算机系统的管理、维护、保证其安全、正常运行；负责车辆管理；承办领导交办的其他工作。

（二）行政审批科

负责拟订全市住房公积金归集管理的具体规定和措施；负责编制、执行住房公积金归集计划；负责记载职工住房公积金的缴存、提取使用等情况；负责办理单位住房公积金缴存登记及汇缴；负责审批和办理职工住房公积金提取、转移、封存、启封和特困企业住房公积金的缓缴手续；负责各单位住房公积金缴存比例、缴存额度的年度调整工作；负责检查监督单位、职工住房公积金缴存情况，查处违规违法行为；负责归集、贷款的诉讼工作；负责拟订全市住房公积金贷款管理办法及操作规程；负责编制、执行住房公积金贷款计划；负责职工住房公积金贷款的受理、贷前调查、贷中审查、审批发放及回收工作；负责记载、清理职工住房公积金贷款本息回收情况；负责逾期贷款的催收工作，搞好贷款风险管理；负责贷款的统计与分析；负责贷款档案管理工作；承办领导交办的其他工作。

（三）财务稽核科

负责住房公积金资金管理和中心机关财务管理工作；负责预决算、国有资产管理、基本建设项目、政府采购工作；负责公积金资金管理使用稽核工作；负责公积金资金运行统计上报工作和财务档案管理工作；承办领导交办的其他工作。

工会组织按有关规定设置。