1、综合处

承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；审核报批环境保护系统各类收费项目并监督执行；组织编制环境保护系统利用外资计划；联系西部开发等专项相关工作；承担环境保护经济体制改革工作；组织参与宏观经济形势分析工作。

2、规划区划处（简称规划处）

参与制定国家主体功能区规划；拟订环境功能区划、环境保护规划方面的规章、制度，并监督执行；组织编制、评估、考核综合性环境功能区划和环境保护规划；审核专项环境功能区划和环境保护规划；组织实施环境保护目标责任制。

3、预算处

拟订预决算管理、经费管理等规章制度并监督执行；组织编报、审核汇总、批复预决算；承担各项经费使用的监督管理和绩效考评工作；协调中央财政专项资金的申报审批工作；承担国库集中支付、银行账户、非税收入等管理工作。

4、投资处

提出和协调环境保护领域国家投资方向、规模和渠道；审批和申报国家规划内相关项目及年度投资计划；组织实施和监督管理国家重大环境保护项目、能力建设项目和基本建设项目；管理并监督政府采购工作。

5、财务处

拟订部机关财务、资金管理内部控制、国有资产管理等规章、制度，并监督执行；承担部机关财务、资产管理和各项经费的会计核算工作；承担部机关、派出机构、直属单位国有资产管理工作；承担住房制度改革工作。

6、内部审计办公室（简称内审室）

拟订内部审计的规章、制度，并监督执行；联系审计署开展审计工作；承担部机关及派出机构、直属单位内部审计工作。