颗粒在电场中的移动速度主要取决于其本身所带的净电荷量，同时受颗粒形状和颗粒大小的影响。此外，还受到电场强度、溶液pH、离子强度、及支持体的特性和温度等外界条件的影响。

电泳分离电场强度

电场强度是指每厘米距离的电压降，又称为电位梯度或电势梯度。电场强度对颗粒的泳动速度起着十分重要的作用。电场强度越高，带电颗粒的泳动速度越快。根据电场强度的大小可将电泳分为高压电泳和常压电泳。常压电泳的电场强度一般为2～10V/cm，电压为100～500V，电泳时间从几十分钟到几十小时，多用于带电荷的大分子物质的分离；高压电泳的电场强度为20～200V/cm，电压大于500V，电泳时间从几分钟到几小时，多用于带电荷的小分子物质的分离。

电泳分离溶液的pH

溶液的pH决定了溶液中颗粒分子的解离程度，也就是决定了颗粒分子所带净电荷的多少。对于两性电解质而言，溶液的pH不仅决定颗粒分子所带电荷的种类，而且决定净电荷的数量。溶液的pH离其等电点越远，颗粒所带净电荷越多，泳动速度越快；反之，颗粒的泳动速度则慢。当溶液的pH等于某溶质的等电点时，其净电荷为零，泳动速度也等于零。因此，电泳时溶液的pH应该选择在适当的数值，并需采用缓冲液使pH维持恒定。

电泳分离溶液的离子强度

溶液的离子强度越高，颗粒的泳动速度越慢。

电泳分离电渗

在电场中，溶液对于固体支持物的相对移动称为电渗。例如，在纸电泳中，由于滤纸纤维素上带有一定量的负电荷，使与滤纸相接触的水在电场中，液体对于固体支持介质的相对移动称为电渗现象。由于电泳支持介质表面可能会存在一些带电基团，如滤纸表面通常有一些羧基，琼脂可能会含有一些硫酸基，而玻璃表面通常有Si-OH基团等等。这些基团电离后会使支持介质表面带电，吸附一些带相反电荷的离子，在电场的作用下向电极方向移动，形成介质表面溶液的流动。在pH>3时，玻璃表面带负电，吸附溶液中的正电离子，使玻璃表面的溶液层带正电，在电泳中向负极迁移，带动电极液产生向负极的电渗流。如果电渗方向与待分离分子电泳方向相同，则加快电泳速度；反之，则降低电泳的速度。

电泳分离支持介质的筛孔

支持介质的筛孔大小对待分离生物大分子的电泳迁移速度有明显的影响。在筛孔大的介质中泳动速度快，反之，则泳动速度慢。

电泳分离温度

电泳时电流通过支持介质会产生热量，按焦耳定律，电流通过导体时的产热与电流强度（I）的平方、导体的电阻（R）和通电的时间（t）成正比（Q=I²Rt）。