1. 国家级“工程”人选每两年选拔一次，每次选拔500名左右，其中，在科技创新目标明确、能带动前沿学科发展和提升我国在世界范围内科技地位的科学领域中选拔100名拔尖人才；在事关国民经济和社会发展的主要学术领域选拔400名学术技术带头后备人才和高层次急需人才。国家级“工程”人选选拔的具体办法是：（1）各地区、各部门人事厅（局）会同有关部门按照“公开、平等、竞争、择优”原则，提出本地区、本部们推荐人选并征求有关专家意见后报送人事部。（2）人事部会同有关部门组织专家评审委员会对各地区、各部门推荐的人选进行评审后，报“工程”领导小组审批。（3）公布人选名单，颁发《国家级“百千万人才工程”入选证书》。

各地区、各部门根据“工程”培养目标的要求，负责省部级“工程”人选的选拔和培养。

2、建立《“百千万人才工程”人选考核档案》，全面加强人选德、能、勤、绩的考核工作。考核工作由人选所在单位结合年度考核组织实施。考核结果报省部级人事部门备案，其中国家级“工程”人选的考核结果报“工程”领导小组办公室备案。

3、在考核的基础上，对“工程”人选实行动态管理，每五年核定、调整一次。建立“百千万人才工程”人选信息库。