业务监督科

负责对交易监控系统的管理和使用；负责各类招投标交易监督管理制度的拟订；负责对中心各项招投标业务的指导、协调工作；负责种类招投标管理办法、制度执行情况的监督和检查；负责对各类招投标文件的审查。负责交易纠纷的协调和投诉的受理、调查和督查 。

综合科

负责办公室政治思想、行政管理和综合协调工作；负责办公室党务、纪检、组织、人事、劳资、财务、文书、文印、档案、信访、保密和行政后勤工作；负责办公室工作计划、综合性文字材料的调研和组织起草工作；负责办公室宣传信息工作；负责办公室重要会议和重大活动的组织及对外联络接待工作；负责招投标评标专家库的建设和管理；负责办公室财产管理。负责进中心窗口单位的协调和管理；负责办公室和中心的日常考核；负责组织业务培训；指导中心信息网络的建设和管理。

招投标交易服务中心业务一科

负责房屋建筑、市政工程招投标相关业务

招投标交易服务中心业务二科

负责政府采购相关业务

招投标交易服务中心业务三科

负责房屋建筑、市政工程、政府采购外其它招投标相关业务