紫外线灭菌灯的工作原理是通过作用于微生物的DNA，破坏DNA结构，使之失去繁殖和自我复制的功能从而达到杀菌消毒的目的。真正具有杀菌作用的是UVC紫外线，因为，C波段紫外线很容易被生物体的DNA吸收，尤以253.7nm左右的紫外线最佳。
杀菌效果是由微生物所接受的照射剂量决定的,同时,也与紫外线的输出能量,灯的类型,光强和使用时间有关。紫外照射剂量是指达到一定的细菌灭活率时,需要特定波长紫外线的量，照射剂量越大，灭菌效率越高，影响微生物接受到足够紫外光照射剂量的主要因素是透光率，当UVC输出强度和照射时间一定时,微生物实际接受剂量随透光率变化而改变。
