罗源县水利局设5个内设机构；

(一)办公室

综合协调局机关和所属单位工作，监督重大事项的落实；负责文电、会务、机要、档案等日常工作；承担信息、保密、信访、政务公开、保卫、新闻发布工作；负责局机关内部有关制度建设；管理局机关行政事务；负责局机关和直属单位的机构编制、人事管理等工作；负责局机关离退休干部工作，指导所属单位的离退休干部工作；编制部门预决算，承担局机关并指导直属单位财务管理工作；承担水利综合统计工作；承担国有资产的监督管理工作；指导水利产权制度改革，承担水利内部审计工作。

(二)水政水资源科(政策法规科)

组织指导水政监察和水行政执法，负责水事纠纷调处、仲裁；组织实施取水许可、水资源有偿使用和水资源论证制度；组织编制水资源保护规划并监督实施，指导水域纳污能力核定并提出限制排污总量的建议；负责对入河排污口设置、改(扩)建的审查工作；指导饮用水源保护工作，指导地下水开发利用和城市规划区内地下水资源管理保护工作；组织编制河道采砂规划，监督管理河道采砂工作；指导计划用水和节约用水工作，指导节水型社会建设工作；组织起草水利规范性文件；指导水利行业行政许可工作并监督检查；承担局行政应诉、行政复议和行政赔偿工作；承担水利政策法规的咨询、宣传和局机关有关规范性文件的合法性审核工作。

(三)水利规划建设科

负责拟定全县水利发展战略和中长期规划，组织编制全县水利综合规划、专业规划和年度建设计划，审查水利建设项目可行性研究报告，并按规定的程序办理报批手续。指导主要江河的治理和开发，组织县级水利工程的建设和验收；审查小型水利基本建设工程项目的初步设计文件，并按规定的程序办理报批手续；组织指导城乡防洪排涝工程建设；指导水利工程建设管理，指导水利建设市场的监督管理；拟订全县农村水利发展规划；指导农田水利、农村饮水安全、节水灌溉、滩涂围垦、乡镇供水、泵站改造、雨水集蓄利用、水利化县建设与管理工作；指导农村水利社会化服务体系建设；组织指导重大水科科学研究、技术引进和技术推广工作；负责组织实施水利行业技术标准，规程规范。

(四)水利设施管理科(安全监督科)

组织指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护；指导江河和水利枢纽工程防洪、防潮及安全运行；负责水利行业水库、江海堤防及水闸除险加固和技术改造设计审查并组织实施；组织实施河道和江海堤防管理范围内工程建设方案的审查；指导全县水能资源开发利用管理工作，组织指导全县农村电气化和小水电代燃料工作；承担职责规定的农村水电站建设行政管理职责；指导水利行业的水电管理；指导全县水利行业安全生产管理工作；组织开展水利行业安全生产检查和专项监督，指导水库、大坝的安全监管；组织实施水利工程安全生产；组织、参与重大水利安全事故的查处；组织指导安全生产事故预案编制；指导安全生产监管队伍建设。

(五)水土保持科

承担县水土保持委员会的日常工作。组织开展水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划并监督实施；组织实施水土流失监测预报；组织对县本级立项的开发建设项目的水土保持方案进行技术审查并监督实施，指导县水土保持建设项目的实施。