虽然超声波在污水处理领域的应用虽然已经得到了人们广泛地认识，但是有许多问题仍然有待解决:
1、超声波反应的条件控制比较困难。不同的底物由于其不同物理化学性质，其最佳的分解条件是不同的，尤其是考虑其经济性时。分解不同的底物时，为使其达到最佳的分解效果，必须对超声波的强度、分解时间、催化剂等条件进行试验。
2、超声波技术还没有大规模运用到实践中，许多的应用都是在实验室里完成。这些试验都是针对某一类底物，模拟该物质的溶液进行处理。超声波有待进一步在实践中的考验。
3、超声波大规模应用的问题主要在处理设备上，研制出能够连续进行污水处理、低能耗、大容量的超声波反应器是关键所在。
