根据上述职责，黔江区水务局设11个内设机构：

（一）办公室

负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、消防、保密、综治、信访和综合协调、督查督办、新闻宣传、行政后勤等工作；负责机关规章制度建设；办理人大、政协有关建议和提案；负责局机关和所属单位的目标管理及考核工作；负责局机关和所属单位的党务群团、机构编制、干部人事、劳动工资、队伍建设、教育培训等工作；负责离退休人员的管理和服务工作。

（二）规划计划科

组织编制水利发展战略规划、综合规划、专业规划、年度计划；负责水利建设项目前期工作的组织协调；负责水利工程建设项目、水利工程招标方案提出审查意见；负责水利行业经济发展和经济体制改革工作；负责水利系统对外经济技术合作与交流、水利综合统计工作；负责水利建设工程设计优化、工程概预算调整方案的审查，对在建和已建水利工程中的重大技术难题提出指导意见；参与并指导水利工程验收和竣工决算的审查工作。

（三）水政水资源科

负责水政监察和水行政执法工作；负责办理水行政应诉和行政赔偿工作；归口协调和处理跨乡镇、部门间的水事纠纷；负责水政监察队伍建设；负责水资源的统一规划、管理和保护工作；负责实施取水许可和水资源费征收制度；组织水功能区的划分和对饮水区等水域实施排污控制；监测江河湖库的水质，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见。指导水文工作，组织开展水文水资源监测和管理，负责发布水文水资源信息和公报。

（四）基本建设科

负责水利基本建设行业管理和行业安全生产工作；组织协调重点水利工程的建设和管理；指导、监督水利工程勘测设计、建设监理、质量监督、经济定额和招投标工作；负责各类水利规划成果的技术审查；参与水利工程项目建议书、可行性研究报告、初步设计的审查；负责对水利建设工程设计调整优化、工程概预算调整、工程招标方案、设备及材料采购方案的审查，对在建和已建水利工程中的重大技术难题提出指导意见；参与并指导水利工程验收工作和工程竣工决算的审查工作。

（五）水利水保科（黔江区水土保持办公室）

负责农田水利、乡镇供水、农村人畜饮水、节水灌溉的建设管理工作；负责农村水利基层服务体系建设与管理工作；负责已成水利工程和水电站大坝的安全监管、除险加固；指导中型及以下水利工程的运行管理；组织开展全区水土流失综合治理；拟定水土保持规划并组织实施；负责水土流失监测及有关滑坡、泥石流预警工作；负责审批或转报开发建设项目的水土保持方案。

（六）河道管理科

负责全区河道的管理和保护工作。负责河道管护范围的划定、综合治理与开发；负责江河、水库、湖泊等水域及其岸线的管理、开发、利用、保护和整治；拟订并监督实施河道清障计划和实施方案；按分工负责河道采砂的管理、监督和检查工作。

（七）供排水科（黔江区节约用水办公室）

负责编制全区供水、排水、污水处理、再生水利用发展规划和年度计划并组织实施；负责指导、监督实施供水行业的供水水质和服务质量等管理标准；负责公共供水企业、乡镇以上集中供水和自建设施供水单位的指导、监督、管理；负责监督实施全区排水、污水处理、再生水利用设施建设、运行、管理标准、规范和规程；负责排水许可管理和排水水质监测的管理工作；负责全区计划用水、节约用水工作。

（八）防汛抗旱办公室

贯彻执行有关防汛抗旱工作的法律、法规和方针、政策；执行上级防汛抗旱指挥部的决定和命令；组织对江河湖泊的防洪安全管理，并对重要的水利、水电工程水量实施防汛抗旱调度；负责督促和编制各类防汛抗旱应急预案；督促检查和处理险工险患、修复水毁工程；负责提出防汛抗旱预警编制及应急处理措施建议并监督落实；负责组织研究解决防汛抗旱工作中的重大技术问题；负责组织开展水文水资源监测、水文站网建设和管理，发布水资源公报；承担全区防汛抗旱指挥部的日常工作。

（九）水库移民扶持科(挂黔江大中型水库移民后期扶持工作办公室牌子)

负责全区水利水电工程移民及后期扶持管理工作；负责编制和实施大中型水利水电工程移民后期扶持规划、库区和移民安置区基础设施和经济发展规划；负责宣传和贯彻落实水库移民安置和移民后期扶持政策；承担大中型水库移民工作领导小组办公室日常工作。

（十）机电提灌科

编制和组织实施农机机电提灌发展规划及基本建设意见；负责机电提灌节水灌溉和提灌作业的质量监督；拟定和实施机电提灌建设技术规范、管理规范；指导全区机电提灌提水抗旱工作。

（十一）财务审计科

负责全区水利行业的财务、会计管理；负责全区水利行业投资计划和资金的衔接；参与制订和贯彻行业财税、信贷、价格以及国有资产管理政策；指导所属单位经济活动、财务收支、国有资产监督管理、内部审计监督；受审计机关的委托，对全区水利系统实施审计监督和管理。

监察室与办公室合署办公。主要负责纪律监督、行政监察、廉洁从政等工作；承办区监察局交办的工作任务。