根据上述职责，区水利局设4个内设机构。

1、办公室（人事教育股）

协助局领导对全局工作进行综合协调，组织机关日常工作；负责文秘、机关、档案、机关、内部规章制度建设等；承担宣传、保密、信访、政务公开、建议提案、机关后勤服务指导工作。

负责机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、教育培训、职称改革，指导全市水利系统干部培训工作。

2、计划财务股

负责编制区本级水利部门预、决算并负责预算的执行；负责对中央、自治区和区本级水利建设资金的监督；承担机关和直属单位国有资产和非税收入管理工作；负责机关财务管理，指导全区水利行业和直属单位财务管理工作；负责局机关的基建和国有资产管理；负责水利综合统计工作。

3、水政水资源股（农村水利股）

组织实施水资源论证、取水许可、水资源有偿使用等制度；组织水资源调查、评价和监测工作，拟订水量分配方案和水功能区划并监督实施，负责水资源调度工作；组织编制水资源专项规划；指导饮用水资源保护、城区供水水源规划及非传统水资源开发工作；指导入河排污口设置工作；指导计划用水和节约用水工作。

指导全区水利规划工作，拟订水利战略计划，组织编制水利综合规划。专业规划和专项规划；审核水利建设项目建议书、可行性研究；指导水工程建设项目合规性审查工作；负责提出中央、自治区和市及区级财政性资金安排建议；组织协调全区农田水利基本建设，指导农田灌溉节水排水、农村饮水安全及村镇供水等工程建设与管理工作，指导农村水利社会化服务体系建设。

4、防汛抗旱指挥部办公室

承担防汛抗旱指挥部的日常工作事务，履行指挥部授权的组织、协调、监督、指导、全区防汛抗旱工作的职责。编制区防汛抗旱应急预案并组织实施，组织、指导编制各种防御洪水方案、防洪抗旱调度方案和应急水量调度方案并监督实施；负责全区水旱灾害和防汛抗洪抢险、防御台风、抗旱情报工作，拟定、监督执行防灾减灾应急处置措施；负责区防汛抗旱物资的储备管理和防汛抗旱经费使用计划的安排。指导和组织协调全区防汛调度指挥的现代化体系建设和运行。