锡盟水利局内设9个职能科（室），即：办公室、计财科、建设管理科、水政水资源科、防汛抗旱指挥部办公室、人教科、农牧水保科、行政审批科和机关党委。机关行政编制16名，实有人数17人，其中：局长1名，副局长4名，纪检组长1名，助理调研员2名；科级领导职数10名（7正、含机关党委专职副书记兼纪检组副组长1名，3副）。核定工勤人员编制2名。
锡盟水利局下设二级单位7个，即：盟水利勘测设计队；盟水土保持工作站；水产管理站为全额拨款事业单位；乌拉盖水库管理局（大型水库）；水政监察支队；勘探钻井队为差额拨款事业单位；水修厂为自收自支事业单位。
旗县市区水利机构设置：全盟13个旗县市区中多伦县、太仆寺旗、正兰旗、正镶白旗、西乌珠穆沁旗，镶黄旗、苏尼特右旗、苏尼特左旗、阿巴嘎旗、锡林浩特市、东乌珠穆沁旗设为水利局、二连浩特市、乌拉盖开发区设置为水务局，实现水务一体化管理。
