根据上述职责，镇安县食品药品监督管理局设6个内设机构:

（一）镇安县食品药品监督管理局办公室（招标办）

负责局机关党务、政务工作，监督检查机关工作制度的落实；负责离退休人员的管理服务工作；组织实施目标责任制考核奖惩工作；组织开展机关和下属单位思想政治工作，指导精神文明建设；负责局机关财务管理工作；负责城建系统各类档案收集、管理工作；负责人大建议和政协提案的办理；负责部门的行政许可、行政处罚、行政复议、行政诉讼等法制工作和依法行政工作；负责各类房屋建筑（附属设施的建造）及与其配套的管道、线路、设备的安装项目和市政工程项目的招投标活动的监督。

（二）镇安县食品药品监督管理局规划股

组织编制和修订县城总体规划、详细规划、小区规划、专业规划等；负责城市规划区范围内市政工程项目、建设工程项目的选址定点，并负责审查和颁发选址意见书和建设用地规划许可证、建设工程规划许可证；负责测绘管理工作；参与土地利用总体规划及其它相关部门专项规划的审查。

（三）镇安县食品药品监督管理局房产和住房保障股

负责研究分析我县住房制度改革的重大问题并提出政策建议；拟定房地产市场监管和稳定住房价格的政策、措施并监督执行；指导城镇土地使用权有偿转让和开发利用工作；负责房地产开发企业、房屋拆迁企业、物业管理企业、房屋中介组织的资质审核及申报工作；建设管理全县房屋权属信息系统。拟定城镇房屋拆迁规划和年度计划；负责城镇房屋拆迁监督管理工作。

（四）镇安县食品药品监督管理局建筑业管理股

拟定全县建筑业中长期发展规划和技术政策；组织或参与工程重大质量和安全事故的调查处理；负责建筑业企业、建设监理单位的资质管理工作；负责颁发城市规划区建设工程施工许可证和工程建设管理工作；负责组织实施建筑工程实施阶段强制性标准、统一定额、行业标准及费率；负责建筑业行业统计工作；负责勘察设计管理工作；指导墙体改革与建筑节能工作。

（五）镇安县食品药品监督管理局城建股

组织编制城市建设发展中长期规划；负责城市建设、市政公用设施建设项目的立项、论证、报批、管理和组织实施工作；负责城市建设统计工作。

（六）镇安县食品药品监督管理局村镇股

负责全县村镇建设政策规章制度的拟定；指导农村危房改造、村镇建设及先进技术的推广应用和村镇管理人员的培训工作。机关党的组织机构按党章规定设置。派驻纪检组、监察室按镇办发〔2010〕8号文件规定设置。