市住房公积金管理中心内设3个职能科室（均为副科级）和2个派驻机构。

（一）办公室

负责组织、协调、督办中心日常工作，起草、修改以“中心”名义行文的文件；负责文书档案归档、保管、调阅；负责文秘、机要、保密、文电、会议、车辆交通、安全保卫、固定资产采购与管理、后勤保障、医疗卫生、人事工资、统计、综治、计生、公务接待；负责公积金管理系统干部队伍和精神文明建设工作；负责住房公积金财务管理、财务分析、会计核算工作；负责住房公积金有关凭证、账簿、报表等会计资料档案管理工作；负责人事、财务、统计、公文数字管理系统的完善及与软件管理的对接。负责对下属办事处对口业务的指导、监督、检查。

（二）归集科

负责住房公积金归集政策的研究；负责贯彻执行国务院《住房公积金管理条例》及相关公积金归集与支取方面的政策和法规；负责拟订全市住房公积金归集计划；负责拟定住房公积金缴存比例与缴存基数调整，并组织实施；办理职工公积金汇缴、变更和支取业务；负责住房公积金归集执法管理；负责住房公积金缴交政策宣传、解释、培训工作；负责归集档案管理；负责住房公积金归集系统网络软、硬件的运行维护和完善；负责个人住房公积金的结息与对帐；负责公积金查询系统的数据更新、维护工作；负责对下属办事处对口业务的指导、监督、检查。

（三）信贷科

负责个人住房公积金贷款政策研究；负责贯彻执行国务院《住房公积金条例》及相关部门有关住房公积金贷款方面政策和法规；负责住房公积金贷款制度管理办法的修订和完善；负责全市住房公积金个人贷款的审批与发放、回收与管理；负责个人住房公积金贷款政策的落实、宣传、培训、咨询和解释工作；负责住房公积金贷款帐务的记录；负责公积金逾期贷款的催收与信贷执法工作；负责协调市公积金信贷与受托银行关系；负责住房公积金贷款的担保和保证金扣划工作；负责贷款档案的管理；负责信贷系统的运行、完善与软件管理的对接；负责对下属办事处对口业务的指导、监督、检查。