（一）办公室。负责机关日常运转工作，组织协调机关及下属单位政务工作；负责文电、会务、机要、保密、档案、信访、平安建设等工作；承担政务督查、政务信息、政务公开、宣传、外事、后勤服务等工作。

（二）政务服务科（政策研究室）。贯彻落实国家和省、市行政审批制度改革和政务服务有关政策，负责本部门行政审批制度改革工作；牵头协调并负责统一办理本部门全部政务服务工作；负责本部门政务服务信息数据管理、共享工作；指导本系统政务服务及政务服务信息数据管理、共享工作；负责研究综合交通运输发展重大问题，承担综合交通运输体制改革有关工作；承担综合性报告、重要文件起草等工作；组织开展相关政策研究；负责组织综合性调研活动。

（三）法规科（执法监督科）。承担全市交通运输行业法制建设，起草与交通运输行政有关的规范性文件，推进行业依法行政；承担机关有关规范性文件的合法性审查和清理工作；承担行政复议和行政应诉工作；统筹协调和监督指导全市交通运输行业综合执法工作；负责政策法规宣传、普法教育工作；指导行业信用管理工作。

（四）综合规划科。会同有关部门组织拟订全市综合交通运输发展政策、组织编制综合交通运输规划，负责编制公路、水路等规划，承担有关协调工作；组织拟订相关行业发展规划，参与拟订全市物流业发展规划；承担有关规划和建设项目的审核工作；负责拟订全市公路、水路固定资产投资规模和方向，拟订市财政有关交通运输基础投资建设资金安排意见，根据省核定的投资建设规模进行监督执行；承担公路、水运工程建设项目设计审批；承担有关环境保护、利用外资、统计工作，监测分析交通运输运行情况并发布有关信息；负责交通运输目标管理工作。

（五）财务审计科。拟订全市公路、水路行业有关投融资政策；承担专项资金、预决算、政府采购、外资、信贷有关工作；承担机关和直属单位财务、资产监管和内部审计工作；负责公路、水路重点基本建设项目的绩效监督及内部审计工作。

（六）人事教育科。承担机关和直属单位的干部人事、机构编制、教育培训和劳动保护等工作；指导全市交通运输行业人才队伍建设工作；负责机关和直属单位离退休干部职工管理及服务工作。

（七）建设管理科。承担全市公路、水路建设市场监管责任，拟订公路、水路建设及维护的相关政策、制度、技术标准并监督实施；承担市重点公路、水路工程施工许可、监督管理、竣工验收工作，指导全市公路、水路建设、管理和维护工作。

（八）运输管理科（出租汽车行业指导办公室）。负责与有关部门建立综合交通运输体系协调配合机制，承担涉及综合交通运输体系的相关协调工作；承担全市道路、水路运输管理工作；拟订相关政策、制度和标准并监督实施；负责全市船舶检验工作；指导城市公交、出租汽车、汽车租赁等工作；指导公众出行路况信息服务和咨询工作；负责制定城市公交中长期规划和近期发展计划；规划城市公交线路及站点的设置工作；参与拟订全市物流业发展有关政策和标准，按规定负责道路、水路物流市场有关管理工作；负责局下属企业的综合管理、运行监管工作、体制改革等工作。

（九）安全监督科（应急办公室）。组织拟订全市公路、水路安全生产政策和应急预案并监督实施，指导有关安全生产和应急管理机制建设，指导全市有关道路、水路运输安全生产监督管理工作；承担有关道路、水路运输企业安全生产监督工作，依法组织或参与有关事故调查处理工作，负责组织相关抢险救援工作，组织协调国家重点物资运输和紧急客货运输，负责安全信息统计、分析、报送等工作。

（十）科技科。拟订全市公路、水路行业科技、信息化政策并监督实施，指导行业网络安全工作，组织协调有关重大科技项目研究，承担行业有关标准、质量和计量工作，指导行业生态文明和节能减排工作。

（十一）市交通战备办公室。承担国防动员相关工作；协调全市地方交通战备工作，保证国家战略物资、紧急物资的运输。

机关党委。负责机关和直属单位的党群工作。