根据第九届全国人民代表大会第一次会议批准的《国务院机构改革方案》和《国务院关于机构设置的通知》（国发〔1998〕5号），国防科学技术工业委员会的主要职责是：

（一）研究拟定国防科技工业和军转民发展的方针、政策和法律、法规；制定国防科技工业及行业管理规章；研究国防科技工业的重大问题。

（二）组织研究和实施国防科技工业体制改革；组织国防科技工业的结构、布局、能力调整；指导军工企事业单位实施战略性重组、企业集团发展和企业改革工作。

（三）根据中国人民解放军总装备部的武器装备发展战略和科研规划，研究国防科技工业的发展规划，做好国防科研、生产、建设的统筹和衔接；组织军品科研生产的资格审查和许可；配合总装备部，负责科研计划的制定和组织实施；审核科研生产单位与军方签订的科研生产合同，负责按照订货合同组织生产，协调、监督、检查订货合同的执行，保障军事装备的生产供应。

（四）编制国防军国固定资产投资、军转民和各专项的规划、计划并组织实施；安排国防军工固定资产投资项目，固定资产投资计划报国家发展计划委员会备案（军转民计划报国家经济贸易委员会备案）；组织三线调整搬迁及民用部门承担的军品配套和整机科研工作。

（五）组织管理国防科技工业质量、安全（含国防工业军用核设施安全）、计量、标准、保密、情报、统计、档案、重大科研及其推广。

（六）拟定核、航天、航空、船舶、兵器工业的产业和技术政策、发展规划，实施行业管理；指导军工电子的行业管理；负责国家核电建设、同位素生产和民用爆破器材生产流通的行政管理。

（七）管理国防工业建设资金、划给军工部门的技术基础科研费、民口配套及整机研制费、民用航天科研费及国家有关专款。

（八）负责国防科技工业的对外交流与国际合作；代表中国政府参加国际航天组织、国际原子能机构、联合国和平利用外层空间委员会科技小组及其有关活动；组织军工企事业单位的军品出口。

（九）归口管理中国工程物理研究院。

（十）承担国务院中央军委专门委员会办公室的日常事务；承办国务院交办的其他事项 。